Aplicação de métodos computacionais para estudo das interações intermoleculares entre aminoácidos e inibidores não nucleosídeos da transcriptase reversa do vírus HIV-1 (2015)
- Authors:
- Autor USP: RIBEIRO, LEANDRO - FFCLRP
- Unidade: FFCLRP
- Sigla do Departamento: 593
- Subjects: HIV; GEOMETRIA E MODELAGEM COMPUTACIONAL; ESTRUTURA ELETRÔNICA
- Language: Português
- Abstract: Uma das estratégias utilizadas para o tratamento da infecção pelo retrovírus HIV-1 é a terapia altamente ativa (Highly Active Antiretroviral Therapy - HAART), que tem como alvo controlar a replicação do vírus através da combinação de diferentes classes antirretrovirais, entre eles os inibidores não-nucleosídicos da transcriptase reversa (Non-Nucleoside Reverse-Transcriptase Inhibitors- NNRTIs). Todavia, um dos maiores desafios é a resistência do vírus a estes fármacos em decorrência do alto nível de mutações e mudanças conformacionais na estrutura da enzima transcriptase reversa do HIV-1. Os estudos provenientes da química quântica computacional têm como objetivo compreender e prever o comportamento de sistemas de pequenas a macroestruturas moleculares e fornecem uma compreensão quantitativa e qualitativa das mudanças estruturais e energéticas das interações intermoleculares presentes em tais sistemas. Apesar da importância dessas interações, não existem muitos estudos baseados na mecânica quântica envolvendo interações entre as folhas ß. O objetivo desta tese consiste na investigação da estrutura eletrônica das interações intermoleculares entre os aminoácidos que formam os trímeros das folhas ß4-ß8-ß7 e ß9-ß10-ß11, que no complexo RT-NNRTI formam um bolso hidrofóbico, com mais ênfase naqueles que interagem diretamente com essa classe de fármaco. Proporcionando, desta maneira, uma melhor compreensão das mudanças que ocorrem nas interações entre os aminoácidos e os NNRTIs. Foram selecionadas nesse estudo estruturas dos complexos da RT-NNRTIs referentes à primeira e segunda geração desses inibidores, contendo as formas mutante e selvagem do HIV-1, complexadas ou não com os NNRTIs. Através da análise do alinhamento estrutural dos trímeros e monômeros dos fragmentos das folhas ß na RT isolada e complexada, observou-se que as maiores diferenças estãorelacionadas aos resíduos das cadeias laterais que apresentam anéis aromáticos, além da presença das diferenças de orientação em sua conformação. A presença dos NNRTIS nevirapina, efavirenz e rilpiravina contribuem para essas alterações conformacionais nos fragmentos das RTs estudadas. No estudo envolvendo a densidade eletrônica das interações intermoleculares, empregou-se os métodos NBO (Natural Bond Orbital) e QTAIM (Quantum Theory Atoms in Molecules) para identificar, quantificar e analisar as ligações de hidrogênio existentes entre as folhas ß por meios dos átomos presentes nos resíduos de AAs. Através dos resultados, foram observadas interações N-H...O=C, bifurcadas C-H...O=C, e C-H...H-C. Ademais, essas interações entre as folhas ß apresentam dipolos elétricos e transferência de cargas entre os átomos que formam essas ligações. Essa transferência foi determinada e analisada das cargas atômicas provenientes de diferentes métodos, NPA, ESP e AIM, onde foi possível entender a sua contribuição e a relação com as energias de ligação intermoleculares. Isso se torna muito relevante, pois não há estudos relacionados nessa área em nível de estrutura eletrônica envolvendo esse tipo de estrutura
- Imprenta:
- Publisher place: Ribeirão Preto
- Date published: 2015
- Data da defesa: 06.03.2015
-
ABNT
RIBEIRO, Leandro. Aplicação de métodos computacionais para estudo das interações intermoleculares entre aminoácidos e inibidores não nucleosídeos da transcriptase reversa do vírus HIV-1. 2015. Tese (Doutorado) – Universidade de São Paulo, Ribeirão Preto, 2015. . Acesso em: 26 abr. 2024. -
APA
Ribeiro, L. (2015). Aplicação de métodos computacionais para estudo das interações intermoleculares entre aminoácidos e inibidores não nucleosídeos da transcriptase reversa do vírus HIV-1 (Tese (Doutorado). Universidade de São Paulo, Ribeirão Preto. -
NLM
Ribeiro L. Aplicação de métodos computacionais para estudo das interações intermoleculares entre aminoácidos e inibidores não nucleosídeos da transcriptase reversa do vírus HIV-1. 2015 ;[citado 2024 abr. 26 ] -
Vancouver
Ribeiro L. Aplicação de métodos computacionais para estudo das interações intermoleculares entre aminoácidos e inibidores não nucleosídeos da transcriptase reversa do vírus HIV-1. 2015 ;[citado 2024 abr. 26 ]
How to cite
A citação é gerada automaticamente e pode não estar totalmente de acordo com as normas
