Análise de modos normais dos movimentos conformacionais em proteínas (2015)
- Authors:
- Autor USP: MENDONÇA, MATHEUS RODRIGUES DE - FFCLRP
- Unidade: FFCLRP
- Sigla do Departamento: 591
- Subjects: PROTEÍNAS; DINÂMICA; FÍSICA MÉDICA
- Keywords: Análise de modos normais; Fator-B; Modelo de rede elástica; B-factor; Elastic network model; Normal mode analysis
- Language: Português
- Abstract: A caracterização das flutuações dos resíduos da proteína em torno do seu estado nativo é essencial para estudar mudanças conformacionais, interação proteína-proteína e interação proteína-ligante. Tal caracterização pode ser capturada pelo modelo de rede gaussiana (GNM). Este modelo tem sido modificado e novas propostas têm surgido nos últimos anos. Nesta Tese, apresentamos um estudo sobre como melhorar o GNM e exploramos o seu desempenho em predizer os fatores-B experimentais. Modelos de redes elásticas são construídos a partir das coordenadas experimentais dos Cα levando em consideração pares de átomos de Cα distantes entre si até um dado raio de corte Rс. Estes modelos descrevem as interações entre os átomos por molas com a mesma constante de força. Desenvolvemos um método baseado em simulações numéricas com um campo de forças simplificado para atribuir pesos a estas constantes de mola. Este método considera o tempo em que dois átomos de Cα permanecem conectados na rede durante o desenovelamento parcial, estabelecendo assim uma forma de medir a intensidade de cada ligação. Examinamos dois diferentes campos de forças simplificados e exploramos o cálculo desses pesos a partir do desenovelamento das estruturas nativas. Nós comparamos o seu desempenho na predição dos fatores-B com outros modelos de rede elástica. Avaliamos tal desempenho utilizando o coeficiente de correlação entre os fatores-B preditos e experimentais. Mostramos como o nosso modelo pode descrever melhor os fatores B
- Imprenta:
- Publisher place: Ribeirão Preto
- Date published: 2015
- Data da defesa: 11.05.2015
-
ABNT
MENDONÇA, Matheus Rodrigues de. Análise de modos normais dos movimentos conformacionais em proteínas. 2015. Tese (Doutorado) – Universidade de São Paulo, Ribeirão Preto, 2015. Disponível em: http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/59/59135/tde-18042016-104716/. Acesso em: 23 abr. 2024. -
APA
Mendonça, M. R. de. (2015). Análise de modos normais dos movimentos conformacionais em proteínas (Tese (Doutorado). Universidade de São Paulo, Ribeirão Preto. Recuperado de http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/59/59135/tde-18042016-104716/ -
NLM
Mendonça MR de. Análise de modos normais dos movimentos conformacionais em proteínas [Internet]. 2015 ;[citado 2024 abr. 23 ] Available from: http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/59/59135/tde-18042016-104716/ -
Vancouver
Mendonça MR de. Análise de modos normais dos movimentos conformacionais em proteínas [Internet]. 2015 ;[citado 2024 abr. 23 ] Available from: http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/59/59135/tde-18042016-104716/
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