Diversidade molecular dos genes codificadores das proteínas não-estruturais Nsp2 e protease Papaína-like e da proteína estrutural S1 de amostras brasileiras do Coronavírus aviário (2014)
- Authors:
- Autor USP: ROSSA, GISELLE AYRES RAZERA - FMVZ
- Unidade: FMVZ
- Sigla do Departamento: VPS
- Subjects: BRONQUITE INFECCIOSA ANIMAL; CORONAVIRUS; GALINHAS
- Keywords: Avian coronavirus; Coronavírus aviário; Diversidade molecular; Infectious bronchitis virus; Molecular diversity; Nsp2; Nsp3; Vírus da bronquite infecciosa das galinhas
- Language: Português
- Abstract: Coronavírus, incluindo-se o Coronavírus aviário (ACoV), possuem o maior genoma composto por RNA conhecido entre os vírus. Aproximadamente dois terços desse genoma codificam proteínas não estruturais (Nsps), cujas funções parecem estar associadas à replicação e patogênese viral. Até o momento, esses alvos têm sido pouco explorados quanto a sua diversidade em diferentes linhagens de ACoV. O presente estudo teve como objetivo investigar a diversidade dos genes codificadores das proteínas não estruturais Nsp2 e protease Papaína-like (Plpro), utilizando-se linhagens brasileiras de ACoV. Para tanto, 10 linhagens de ACoV, isoladas em ovos embrionados, foram submetidas à RT-PCR direcionada aos genes codificadores de Plpro e Nsp2, seguindo-se o sequenciamento de DNA e a análise filogenética, juntamente com sequências homólogas obtidas no GenBank. Além disso, realizou-se a genotipagem por meio do sequenciamento parcial do gene codificador da proteína de espícula (região S1). Três das amostras virais obtidas e investigadas no presente trabalho apresentaram padrão de segregação discordante para os genes estudados. O isolado CRG I22 agrupou-se com linhagens virais pertencentes ao genótipo Massachusetts para S1 e com o grupamento de ACoVs brasileiros os genes da Nsp2 e Plpro. O isolado CRG I33 agrupou-se com linhagens virais pertencentes ao genótipo brasileiro para s1 e plpro e de maneira divergente para o gene da Nsp2. Para o isolado CRG I38, não foi obtida a genotipagem por s1,entretanto, similarmente ao observado para o isolado CRG I33, esse isolado agrupo-se com linhagens virais brasileiras para o gene plro e de maneira independente para o gene nsp2. As demais linhagens estudadas resultaram na formação de um grupamento especificamente brasileiro de ACoV, para os três genes estudados. Esses achados sugerem a ocorrência de recombinação nessas amostras discrepantes. Quanto às identidades médias entre as sequencias nucleotídicas analisadas, a região de s1 analisada apresentou as menores identidades (73,75%±16,78), seguido pelo gene plpro (88,06%±5,7) e do gene nsp2 (92,28% ±4,37), em acordo com a literatura. Assim sendo, os alvos investigados podem constituir ferramentas úteis na epidemiologia molecular do ACoV e na investigação de linhagens recombinantes do vírus. O presente estudo é o primeiro a investigar a diversidade genética de genes codificadores de proteínas não-estruturais em linhagens brasileiras de ACoV. Os resultados aqui apresentados reforçam a existência de um genótipo brasileiro de ACoV, para os 3 genes estudados. Entretanto, discrepâncias pontuais encontradas no padrão genotípico para s1, nsp2 e nsp3 permitem inferir uma diversidade genética maior do que a conhecida até o momento, possivelmente resultante de eventos de recombinação entre ACoVs brasileiros, ACoVs vacinais e outros ainda desconhecidos. Os resultados obtidos auxiliam na compreensão dos padrões e evolução dos ACoVs
- Imprenta:
- Data da defesa: 14.11.2014
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ABNT
ROSSA, Giselle Ayres Razera. Diversidade molecular dos genes codificadores das proteínas não-estruturais Nsp2 e protease Papaína-like e da proteína estrutural S1 de amostras brasileiras do Coronavírus aviário. 2014. Tese (Doutorado) – Universidade de São Paulo, São Paulo, 2014. Disponível em: http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/10/10134/tde-30032015-142540/. Acesso em: 07 jun. 2024. -
APA
Rossa, G. A. R. (2014). Diversidade molecular dos genes codificadores das proteínas não-estruturais Nsp2 e protease Papaína-like e da proteína estrutural S1 de amostras brasileiras do Coronavírus aviário (Tese (Doutorado). Universidade de São Paulo, São Paulo. Recuperado de http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/10/10134/tde-30032015-142540/ -
NLM
Rossa GAR. Diversidade molecular dos genes codificadores das proteínas não-estruturais Nsp2 e protease Papaína-like e da proteína estrutural S1 de amostras brasileiras do Coronavírus aviário [Internet]. 2014 ;[citado 2024 jun. 07 ] Available from: http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/10/10134/tde-30032015-142540/ -
Vancouver
Rossa GAR. Diversidade molecular dos genes codificadores das proteínas não-estruturais Nsp2 e protease Papaína-like e da proteína estrutural S1 de amostras brasileiras do Coronavírus aviário [Internet]. 2014 ;[citado 2024 jun. 07 ] Available from: http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/10/10134/tde-30032015-142540/
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