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Avaliação de modelos preditivos de seleção genômica ampla em testes de progênies e testes clonais de Eucalyptus (2016)

  • Authors:
  • USP affiliated authors: GARCIA, CARLA DA COSTA - ESALQ
  • USP Schools: ESALQ
  • Sigla do Departamento: LCF
  • Subjects: EUCALIPTO; GENÔMICA; MODELOS MATEMÁTICOS; SELEÇÃO GENÉTICA
  • Language: Português
  • Abstract: O grande potencial da genômica em benefício do melhoramento genético aplicado é a utilização direta das informações de marcadores de DNA na seleção, de forma a permitir igual ou maior eficiência seletiva, maior rapidez na obtenção de ganhos genéticos e redução de custos de fenotipagem, em comparação com a seleção tradicional. Esta era genômica está trazendo novas oportunidades para os melhoristas florestais, porém desafios ainda existem para o uso operacional da Seleção Genômica Ampla. Sendo assim, este trabalho teve por objetivo avaliar a capacidade preditiva de características de crescimento volumétrico de modelos de SGA previamente construídos para características de crescimento volumétrico e qualidade da madeira com uma população elite de melhoramento genético da International Paper do Brasil que atuou como população de treinamento. Os modelos preditivos foram aplicados em quatro populações de candidatos à seleção constituídos por testes de progênies e teste clonal de Eucalyptus com características contrastantes do ponto de vista de relacionamento genético com a população na qual os modelos foram desenvolvidos: (1) três populações compostas por indivíduos geneticamente relacionados com a população de descoberta e (2) uma população composta por indivíduos geneticamente não relacionados com a população de descoberta. Posteriormente, as quatro populações de avaliação, compostas por 100 indivíduos genotipados em cada uma, foram utilizadas para construir novos modelospreditivos e validações cruzadas realizadas entre estas populações. Foram utilizados para as análises SNPs com frequência de declaração de genótipo (call rate) ≥ 0.90 e MAF (menor frequência alélica) ≥ 0.01, totalizando 29.090 marcadores. O modelo preditivo previamente elaborado para população elite da International Paper apresentou capacidades preditivas que variaram de -0,296 para o caráter Altura em população geneticamente não relacionada até 0,440 para o caráter DAP em uma população geneticamente relacionada. Com os modelos desenvolvidos com as quatro populações genotipadas, e realizando seleção de marcas com base nos seus efeitos, as maiores capacidades preditivas foram obtidas por um número de SNPs médio que variou de 1371 para volume e IMA a 1467 para DAP. Usando esta abordagem, a capacidade preditiva maximizada para DAP foi de 0,744, 0,727 para altura, 0,751 para volume e 0,752 para IMA. Acurácias preditivas maximizadas, foram em seguida estimadas ao utilizar o menor número de SNPs selecionados. Com 237 SNPs acurácias da ordem de 0,660 para DAP, 0,555 para altura, 0,743 para volume e 0,743 para IMA foram obtidas. Embora estes resultados sugerem que a SGA teria bom resultado somente entre indivíduos geneticamente relacionados, uma análise conjunta dos dados utilizados para o desenvolvimento dos modelos preditivos anteriormente gerados com os dados das quarto populações aqui avaliadas, se faz necessária para alcançar resultados mais conclusivos. Adicionalmente,a abordagem de seleção de marcas para maximizar a capacidade preditiva ou acurácia deverá ser melhor avaliada à luz do seu impacto na medida que a SGA venha a ser praticada em futuras gerações de seleção
  • Imprenta:
  • Data da defesa: 25.02.2016
  • Acesso online ao documento

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    • ABNT

      GARCIA, Carla da Costa; GONÇALVES, Antonio Natal. Avaliação de modelos preditivos de seleção genômica ampla em testes de progênies e testes clonais de Eucalyptus. 2016.Universidade de São Paulo, Piracicaba, 2016. Disponível em: < http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/11/11150/tde-28042016-123457/ >.
    • APA

      Garcia, C. da C., & Gonçalves, A. N. (2016). Avaliação de modelos preditivos de seleção genômica ampla em testes de progênies e testes clonais de Eucalyptus. Universidade de São Paulo, Piracicaba. Recuperado de http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/11/11150/tde-28042016-123457/
    • NLM

      Garcia C da C, Gonçalves AN. Avaliação de modelos preditivos de seleção genômica ampla em testes de progênies e testes clonais de Eucalyptus [Internet]. 2016 ;Available from: http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/11/11150/tde-28042016-123457/
    • Vancouver

      Garcia C da C, Gonçalves AN. Avaliação de modelos preditivos de seleção genômica ampla em testes de progênies e testes clonais de Eucalyptus [Internet]. 2016 ;Available from: http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/11/11150/tde-28042016-123457/

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