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Tese

Caracterização bioquímica e biofísica de proteínas específicas envolvidas no SL <i>trans-splicing</i> de <i>Trypanosoma brucei</i> (2016)

  • Authors:
  • Autor USP: SILVA, IVAN ROSA E - IFSC
  • Unidade: IFSC
  • Sigla do Departamento: FCI
  • Subjects: PROTEÍNAS; TRYPANOSOMA; RIBONUCLEOSÍDEOS; RNA
  • Keywords: <i>Trypanosoma brucei</i>; Proteínas Sm; SL <i>trans-splicing</i>; Sm proteins; Spliceosome; Spliceossomo; U5-200K
  • Language: Português
  • Abstract: O SL trans-splicing (do inglês, spliced leader trans-splicing) catalisado pelo spliceossomo em Trypanosoma brucei é responsável pelo processamento dos pré-mRNAs policistrônicos em mRNAs maduros. Esta maquinaria é associada a partir de pequenas partículas ribonucleoproteicas nucleares (snRNPs) U1, U2, U4/U6 e U5 constituídas de pequenos RNAs nucleares (snRNAs), um complexo canônico de sete proteínas Sm (SmB, SmD3, SmD1, SmD2, SmE, SmF e SmG) e fatores proteicos específicos. O núcleo de proteínas Sm de T. brucei apresenta variações com funções desconhecidas, como a substituição do heterodímero SmD3/SmB por Sm16,5K/Sm15K na snRNP U2, e de SmD3 por SSm4 na snRNP U4. Na primeira parte deste trabalho, investigou-se a interação destes diferentes complexos Sm recombinantes com os snRNAs U2, U4 e U5 obtidos por transcrição in vitro. Todos os complexos apresentaram alta afinidade pelo snRNA cognato. Observou-se, ainda, que apenas o núcleo Sm que contém Sm16,5K/Sm15K associado ao snRNA U2 interage com alta afinidade com U2A/U2B. Adicionalmente, foi obtida a estrutura cristalográfica de U2A/U2B de T. brucei, que revela uma organização similar àquela já descrita para ortólogas de Homo sapiens. Entretanto, há um desvio de pelo menos 6 &Aring; no ponto médio da alça carregada positivamente no domínio RRM de U2B para a acomodação do snRNA U2. Além disso, observou-se uma longa hélice-&alpha; adicional na extremidade C-terminal de U2A. A análise dos três núcleos Sm de T. brucei a partir dacombinação de modelagem molecular e espalhamento de raios-X a baixo ângulo revela estruturas de barril-&beta; altamente torcido com interior carregado positivamente para interação com snRNAs. A principal diferença entre as estruturas encontra-se nas extremidades C- e N-terminal dos variantes de proteínas Sm, possivelmente para interação com U2A no braço 1 do spliceossomo, no caso de Sm15K/Sm16,K, e com U5-220K e U5-200K no corpo do spliceossomo, no caso de SSm4. Na segunda parte deste trabalho, a expressão homóloga da proteína U5-200K de T. brucei completa e do produto truncado no seu cassete helicase/ATPase/Sec63 N-terminal levou à copurificação de um subcomplexo de snRNP U5 composto por U5-220K, U5-116K, U5-40K e U5-Cwc21, sendo que a proteína recombinante completa ainda copurificou as proteínas Sm. Experimentos de imunolocalização mostraram que a proteína U5-200K truncada não é direcionada ao núcleo, como é o caso da proteína completa. As células que expressam a proteína truncada apresentaram um defeito de crescimento significativo, e os processamentos de pré-mRNA por cis- e SL trans-splicing foram ligeiramente afetados, já que a proteína truncada não entra no núcleo, onde deveria exercer sua atividade. Os resultados apresentados indicam a formação de um subcomplexo de snRNP U5 ainda no citoplasma, sendo que as proteínas Sm devem ser um sinal para o seu transporte nuclear mediado por importina-&beta;. Em leveduras, a proteína Aar2 substitui U5-200K no citoplasma,regulando assim a biogênese de snRNP U5, porém esta proteína não foi identificada em T. brucei. Os resultados apresentados neste trabalho contribuem como o primeiro estudo estrutural de proteínas spliceossomais de um parasita do homem e também com novas informações sobre a biogênese das partículas ribonucleoproteicas U2 e U5 de T. brucei
  • Imprenta:
  • Data da defesa: 02.08.2016
    • Acesso à fonte
    How to cite
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    • ABNT

      SILVA, Ivan Rosa e. Caracterização bioquímica e biofísica de proteínas específicas envolvidas no SL <i>trans-splicing</i> de <i>Trypanosoma brucei</i>. 2016. Tese (Doutorado) – Universidade de São Paulo, São Carlos, 2016. Disponível em: http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/76/76132/tde-21102016-160603/. Acesso em: 06 maio 2024.

    • APA

      Silva, I. R. e. (2016). Caracterização bioquímica e biofísica de proteínas específicas envolvidas no SL <i>trans-splicing</i> de <i>Trypanosoma brucei</i> (Tese (Doutorado). Universidade de São Paulo, São Carlos. Recuperado de http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/76/76132/tde-21102016-160603/

    • NLM

      Silva IR e. Caracterização bioquímica e biofísica de proteínas específicas envolvidas no SL <i>trans-splicing</i> de <i>Trypanosoma brucei</i> [Internet]. 2016 ;[citado 2024 maio 06 ] Available from: http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/76/76132/tde-21102016-160603/

    • Vancouver

      Silva IR e. Caracterização bioquímica e biofísica de proteínas específicas envolvidas no SL <i>trans-splicing</i> de <i>Trypanosoma brucei</i> [Internet]. 2016 ;[citado 2024 maio 06 ] Available from: http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/76/76132/tde-21102016-160603/

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