Ver registro no DEDALUS
Exportar registro bibliográfico

Metrics


Metrics:

Towards a critical evaluation of an empirical and volume-based solvation function for ligand docking (2017)

  • Authors:
  • USP affiliated authors: NASCIMENTO, ALESSANDRO SILVA - IFSC
  • USP Schools: IFSC
  • DOI: 10.1371/journal.pone.0174336
  • Subjects: MODELAGEM MOLECULAR; SOLVATAÇÃO
  • Language: Inglês
  • Imprenta:
  • Source:
    • Título do periódico: PLOS ONE
    • ISSN: 1932-6203
    • Volume/Número/Paginação/Ano: v. 12, n. 3, p. e0174336-1-e0174336-19, Mar. 2017
  • Acesso online ao documento

    Online accessDOI or search this record in
    Informações sobre o DOI: 10.1371/journal.pone.0174336 (Fonte: oaDOI API)
    • Este periódico é de acesso aberto
    • Este artigo é de acesso aberto
    • URL de acesso aberto
    • Cor do Acesso Aberto: hybrid
    • Licença: cc-by
    Versões disponíveis em Acesso Aberto do: 10.1371/journal.pone.0174336 (Fonte: Unpaywall API)

    Título do periódico: PLOS ONE

    ISSN: 1932-6203

    • Melhor URL em Acesso Aberto:
      • Página do artigo
      • Evidência: oa journal (via doaj)
      • Licença: cc-by
      • Versão: publishedVersion
      • Tipo de hospedagem: publisher


    • Outras alternativas de URLs em Acesso Aberto:
        • Página do artigo
        • Evidência: oa journal (via doaj)
        • Licença: cc-by
        • Versão: publishedVersion
        • Tipo de hospedagem: publisher




        • Página do artigo
        • Evidência: oa repository (via pmcid lookup)
        • Licença:
        • Versão: publishedVersion
        • Tipo de hospedagem: repository


    Informações sobre o Citescore
  • Título: PLoS ONE

    ISSN: 1932-6203

    Citescore - 2017: 3.01

    SJR - 2017: 1.164

    SNIP - 2017: 1.111


  • Exemplares físicos disponíveis nas Bibliotecas da USP
    BibliotecaCód. de barrasNúm. de chamada
    IFSC89025929PROD025929
    How to cite
    A citação é gerada automaticamente e pode não estar totalmente de acordo com as normas

    • ABNT

      MUNIZ, Heloisa S.; NASCIMENTO, Alessandro Silva. Towards a critical evaluation of an empirical and volume-based solvation function for ligand docking. PLOS ONE, San Francisco, Public Library of Science - PLOS, v. 12, n. 3, p. e0174336-1-e0174336-19, 2017. Disponível em: < http://dx.doi.org/10.1371/journal.pone.0174336 > DOI: 10.1371/journal.pone.0174336.
    • APA

      Muniz, H. S., & Nascimento, A. S. (2017). Towards a critical evaluation of an empirical and volume-based solvation function for ligand docking. PLOS ONE, 12( 3), e0174336-1-e0174336-19. doi:10.1371/journal.pone.0174336
    • NLM

      Muniz HS, Nascimento AS. Towards a critical evaluation of an empirical and volume-based solvation function for ligand docking [Internet]. PLOS ONE. 2017 ; 12( 3): e0174336-1-e0174336-19.Available from: http://dx.doi.org/10.1371/journal.pone.0174336
    • Vancouver

      Muniz HS, Nascimento AS. Towards a critical evaluation of an empirical and volume-based solvation function for ligand docking [Internet]. PLOS ONE. 2017 ; 12( 3): e0174336-1-e0174336-19.Available from: http://dx.doi.org/10.1371/journal.pone.0174336

    Referências citadas na obra
    Autor: M Gao
    Título: A Comprehensive Survey of Small-Molecule Binding Pockets in Proteins
    Título do periódico: Plos Comput Biol
    Volume: 9
    Ano: 2013
    Autor: HM Berman
    Título: The Protein Data Bank
    Título do periódico: Acta Crystallogr Sect D-Biological Crystallogr
    Volume: 58
    Primeira página: 899
    Ano: 2002
    DOI: 10.1107/S0907444902003451
    Autor: P Anand
    Título: PLIC: protein-ligand interaction clusters
    Título do periódico: Database (Oxford)
    Ano: 2014
    Autor: M Schumann
    Título: Identification of Distant Drug Off-Targets by Direct Superposition of Binding Pocket Surfaces
    Título do periódico: PLOS ONE
    Volume: 8
    Ano: 2013
    DOI: 10.1371/journal.pone.0083533
    Autor: J Wereszczynski
    Título: Statistical mechanics and molecular dynamics in evaluating thermodynamic properties of biomolecular recognition
    Título do periódico: Q Rev Biophys
    Volume: 45
    Primeira página: 1
    Ano: 2012
    DOI: 10.1017/S0033583511000096
    Autor: P Kollman
    Título: Free-Energy Calculations—Applications to Chemical and Biochemical Phenomena
    Título do periódico: Chem Rev
    Volume: 93
    Primeira página: 2395
    Ano: 1993
    DOI: 10.1021/cr00023a004
    Autor: JW Ponder
    Título: Force Fields for Protein Simulations
    Título do periódico: Adv Protein Chem
    Volume: 66
    Primeira página: 27
    Ano: 2003
    DOI: 10.1016/S0065-3233(03)66002-X
    Autor: AP Graves
    Título: Rescoring docking hit lists for model cavity sites: Predictions and experimental testing
    Título do periódico: J Mol Biol
    Volume: 377
    Primeira página: 914
    Ano: 2008
    DOI: 10.1016/j.jmb.2008.01.049
    Autor: CA Chang
    Título: Ligand configurational entropy and protein binding
    Título do periódico: Proc Natl Acad Sci U S A
    Volume: 104
    Primeira página: 1534
    Ano: 2007
    DOI: 10.1073/pnas.0610494104
    Autor: GM Morris
    Título: Automated docking using a Lamarckian genetic algorithm and an empirical binding free energy function
    Título do periódico: J Comput Chem
    Volume: 19
    Primeira página: 1639
    Ano: 1998
    DOI: 10.1002/(SICI)1096-987X(19981115)19:14<1639::AID-JCC10>3.0.CO;2-B
    Autor: MM Mysinger
    Título: Rapid Context-Dependent Ligand Desolvation in Molecular Docking
    Título do periódico: J Chem Inf Model
    Volume: 50
    Primeira página: 1561
    Ano: 2010
    DOI: 10.1021/ci100214a
    Autor: PFW Stouten
    Título: An Effective Solvation Term Based on Atomic Occupancies For Use In Protein Simulations
    Título do periódico: Mol Simul
    Volume: 10
    Primeira página: 97
    Ano: 1993
    DOI: 10.1080/08927029308022161
    Autor: B a. Luty
    Título: A molecular mechanics/grid method for evaluation of ligand-receptor interactions
    Título do periódico: J Comput Chem
    Volume: 16
    Primeira página: 454
    Ano: 1995
    DOI: 10.1002/jcc.540160409
    Autor: EC Meng
    Título: Automated Docking with Grid-Based Energy Evaluation
    Título do periódico: J Comput Chem
    Volume: 13
    Primeira página: 505
    Ano: 1992
    DOI: 10.1002/jcc.540130412
    Autor: J Mongan
    Título: Generalized Born model with a simple, robust molecular volume correction
    Título do periódico: J Chem Theory Comput
    Volume: 3
    Primeira página: 156
    Ano: 2007
    DOI: 10.1021/ct600085e
    Autor: WC Still
    Título: Semianalytical Treatment of Solvation For Molecular Mechanics and Dynamics
    Título do periódico: J Am Chem Soc
    Volume: 112
    Primeira página: 6127
    Ano: 1990
    DOI: 10.1021/ja00172a038
    Autor: D Bashford
    Título: Generalized Born Models of Macromolecular Solvation Effects
    Título do periódico: Annu Rev Phys Chem
    Volume: 51
    Primeira página: 129
    Ano: 2000
    DOI: 10.1146/annurev.physchem.51.1.129
    Autor: BK Shoichet
    Título: Virtual screening of chemical libraries
    Título do periódico: Nature
    Volume: 432
    Primeira página: 862
    Ano: 2004
    DOI: 10.1038/nature03197
    Autor: GM Verkhivker
    Título: Towards understanding the mechanisms of molecular recognition by computer simulations of ligand-protein interactions
    Título do periódico: J Mol Recognit
    Volume: 12
    Ano: 1999
    DOI: 10.1002/(SICI)1099-1352(199911/12)12:6<371::AID-JMR479>3.0.CO;2-O
    Autor: H dos Santos Muniz
    Título: Ligand- and receptor-based docking with LiBELa
    Título do periódico: J Comput Aided Mol Des
    Volume: 29
    Primeira página: 713
    Ano: 2015
    DOI: 10.1007/s10822-015-9856-1
    Autor: DL. s Mobley
    Título: FreeSolv: A database of experimental and calculated hydration free energies, with input files
    Título do periódico: J Comput Aided Mol Des
    Volume: 28
    Primeira página: 711
    Ano: 2014
    DOI: 10.1007/s10822-014-9747-x
    Autor: J Wang
    Título: Automatic atom type and bond type perception in molecular mechanical calculations
    Título do periódico: J Mol Graph Model
    Volume: 25
    Primeira página: 247
    Ano: 2006
    DOI: 10.1016/j.jmgm.2005.12.005
    Autor: NM O’Boyle
    Título: Open Babel: An open chemical toolbox
    Título do periódico: J Cheminform
    Volume: 3
    Primeira página: 33
    Ano: 2011
    DOI: 10.1186/1758-2946-3-33
    Autor: SR Brozell
    Título: Evaluation of DOCK 6 as a pose generation and database enrichment tool
    Título do periódico: J Comput Aided Mol Des
    Volume: 26
    Primeira página: 749
    Ano: 2012
    DOI: 10.1007/s10822-012-9565-y
    Autor: N Huang
    Título: Benchmarking sets for molecular docking
    Título do periódico: J Med Chem
    Volume: 49
    Primeira página: 6789
    Ano: 2006
    DOI: 10.1021/jm0608356
    Autor: MK Gilson
    Título: Calculating the electrostatic potential of molecules in solution: Method and error assessment
    Título do periódico: J Comput Chem
    Volume: 9
    Primeira página: 327
    Ano: 1988
    DOI: 10.1002/jcc.540090407
    Autor: JJ Irwin
    Título: ZINC: A Free Tool to Discover Chemistry for Biology
    Título do periódico: J Chem Inf Model
    Volume: 52
    Primeira página: 1757
    Ano: 2012
    DOI: 10.1021/ci3001277
    Autor: RG Coleman
    Título: SAMPL4 & DOCK3.7: lessons for automated docking procedures
    Título do periódico: J Comput Aided Mol Des
    Volume: 28
    Primeira página: 201
    Ano: 2014
    DOI: 10.1007/s10822-014-9722-6
    Autor: MK Gilson
    Título: Energetics of Charge Charge Interactions In Proteins
    Título do periódico: Proteins-Structure Funct Genet
    Volume: 3
    Primeira página: 32
    Ano: 1988
    DOI: 10.1002/prot.340030104
    Autor: XH Zhang
    Título: Automated High Performance Computing Drug Discovery: A Massively Parallel Virtual Screening Pipeline for Docking and Molecular Mechanics/Generalized Born Surface Area Rescoring to Improve Enrichment
    Título do periódico: J Chem Inf Model
    Volume: 54
    Primeira página: 324
    Ano: 2014
    DOI: 10.1021/ci4005145
    Autor: AS Nascimento
    Título: Structural requirement for PPARgamma binding revealed by a meta analysis of holo-crystal structures
    Título do periódico: Biochimie
    Volume: 92
    Primeira página: 499
    Ano: 2010
    DOI: 10.1016/j.biochi.2010.01.018
    Autor: A Gaulton
    Título: ChEMBL: a large-scale bioactivity database for drug discovery
    Título do periódico: Nucleic Acids Res
    Volume: 40
    Primeira página: D1100
    Ano: 2012
    DOI: 10.1093/nar/gkr777
    Autor: BK Shoichet
    Título: Ligand solvation in molecular docking
    Título do periódico: Proteins-Structure Funct Genet
    Volume: 34
    Primeira página: 4
    Ano: 1999
    DOI: 10.1002/(SICI)1097-0134(19990101)34:1<4::AID-PROT2>3.0.CO;2-6
    Autor: MM Mysinger
    Título: Directory of Useful Decoys, Enhanced (DUD-E): Better Ligands and Decoys for Better Benchmarking
    Título do periódico: J Med Chem
    Volume: 55
    Primeira página: 6582
    Ano: 2012
    DOI: 10.1021/jm300687e
    Autor: EF Pettersen
    Título: UCSF chimera—A visualization system for exploratory research and analysis
    Título do periódico: J Comput Chem
    Volume: 25
    Primeira página: 1605
    Ano: 2004
    DOI: 10.1002/jcc.20084
    Autor: V Hornak
    Título: Comparison of multiple amber force fields and development of improved protein backbone parameters
    Título do periódico: Proteins-Structure Funct Bioinforma
    Volume: 65
    Primeira página: 712
    Ano: 2006
    DOI: 10.1002/prot.21123
    Autor: JJ Irwin
    Título: ZINC—A free database of commercially available compounds for virtual screening
    Título do periódico: J Chem Inf Model
    Primeira página: 177
    Ano: 2005
    DOI: 10.1021/ci049714+
    Autor: LAC Vaz de Lima
    Título: MolShaCS: A free and open source tool for ligand similarity identification based on Gaussian descriptors
    Título do periódico: Eur J Med Chem
    Volume: 59
    Primeira página: 296
    Ano: 2013
    DOI: 10.1016/j.ejmech.2012.11.013
    Autor: R Andreani
    Título: On Augmented Lagrangian Methods with General Lower-Level Constraints
    Título do periódico: Siam J Optim
    Volume: 18
    Primeira página: 1286
    Ano: 2007
    DOI: 10.1137/060654797
    Autor: R Andreani
    Título: Augmented Lagrangian methods under the constant positive linear dependence constraint qualification
    Título do periódico: Math Program
    Volume: 111
    Primeira página: 5
    Ano: 2008
    DOI: 10.1007/s10107-006-0077-1
    Autor: EG Birgin
    Título: Improving ultimate convergence of an augmented Lagrangian method
    Título do periódico: Optim Methods Softw
    Volume: 23
    Primeira página: 177
    Ano: 2008
    DOI: 10.1080/10556780701577730
    Autor: DR Jones
    Título: Lipschitzian optimization without the Lipschitz constant
    Título do periódico: J Optim Theory Appl
    Volume: 79
    Primeira página: 157
    Ano: 1993
    DOI: 10.1007/BF00941892
    Jhonson SG. The NLopt nonlinear-optimization package. http://ab-initio.mit.edu/nlopt.