Tese

A meta-analysis bayesian model for ChIP-Seq data (2017)

• Authors:
  • Andrade, Pablo de Morais
  • Pereira, Carlos Alberto de Bragança (Orientador)
• Autor USP: ANDRADE, PABLO DE MORAIS - BIOINFORMÁTICA
• Unidade: BIOINFORMÁTICA
• Subjects: BIOINFORMÁTICA; ALGORITMOS E ESTRUTURAS DE DADOS
• Language: Inglês
• Abstract: Com o desenvolvimento do sequenciamento em larga escala, novas tecnologias surgiram para auxiliar o estudo de sequências de ácidos nucleicos (DNA e cDNA); como consequência, o desenvolvimento de novas ferramentas para analisar o grande volume de dados gerados fez-se necessário. Entre essas novas tecnologias, uma, em particular, chamada Imunoprecipitação de Cromatina seguida de sequenciamento de DNA em larga escala ou CHIP-Seq, tem recebido muita atenção nos últimos anos. Esta tecnologia tornou-se um método usado amplamente para mapear sítios de ligação de proteínas de interesse no genoma. A análise de dados resultantes de experimentos de ChIP-Seq é desaadora porque o mapeamento das sequências no genoma apresenta diferentes formas de viés. Os métodos existentes usados para encontrar picos em dados de ChIP-Seq apresentam limitações relacionadas ao número de amostras de controle e tratamento usadas, e em relação à forma como essas amostras são combinadas. Nessa tese, mostramos que métodos baseados em testes estatísticos de hipótese tendem a encontrar um número muito maior de picos à medida que aumentamos o tamanho da amostra, o que os torna pouco conáveis para análise de um grande volume de dados. O presente estudo descreve um método estatístico Bayesiano, que utiliza meta-análise para encontrar sítios de ligação de proteínas de interesse no genoma resultante de experimentos de ChIPSeq. Esse métodos foi chamado Meta-Analysis Bayesian Approach ou MABayApp. Nós mostramos que o nosso método é robusto e pode ser utilizado com diferentes números de amostras de controle e tratamentos, assim como quando comparando amostras provenientes de diferentes tratamentos.
• Imprenta:
  • Publisher place: São Paulo
  • Date published: 2017
• Data da defesa: 17.04.2017


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How to cite

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• ABNT

  ANDRADE, Pablo de Morais. A meta-analysis bayesian model for ChIP-Seq data. 2017. Tese (Doutorado) – Universidade de São Paulo, São Paulo, 2017. Disponível em: http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/95/95131/tde-04102019-141931/. Acesso em: 19 abr. 2024.

• APA

  Andrade, P. de M. (2017). A meta-analysis bayesian model for ChIP-Seq data (Tese (Doutorado). Universidade de São Paulo, São Paulo. Recuperado de http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/95/95131/tde-04102019-141931/

• NLM

  Andrade P de M. A meta-analysis bayesian model for ChIP-Seq data [Internet]. 2017 ;[citado 2024 abr. 19 ] Available from: http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/95/95131/tde-04102019-141931/

• Vancouver

  Andrade P de M. A meta-analysis bayesian model for ChIP-Seq data [Internet]. 2017 ;[citado 2024 abr. 19 ] Available from: http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/95/95131/tde-04102019-141931/

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