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Bacterial diversification in the light of the interactions with phages: the genetic symbionts and their role in ecological speciation (2018)

  • Authors:
  • USP affiliated authors: SILVA, ALINE MARIA DA - IQ ; SETUBAL, JOÃO CARLOS - IQ
  • USP Schools: IQ; IQ
  • DOI: 10.3389/fevo.2018.00006
  • Subjects: BACTERIÓFAGOS; SIMBIOSE
  • Language: Inglês
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    Título do periódico: Frontiers in Ecology and Evolution

    ISSN: 2296-701X

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        • Tipo de hospedagem: publisher


    Informações sobre o Citescore
  • Título: Frontiers in Ecology and the Environment

    ISSN: 1540-9295

    Citescore - 2017: 4.05

    SJR - 2017: 4.677

    SNIP - 2017: 3.03


  • How to cite
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    • ABNT

      BRAGA, Lucas Palma Perez; SOUCY, Shannon M; AMGARTEN, Deyvid Emanuel; DA SILVA, Aline Maria; SETUBAL, Joao Carlos. Bacterial diversification in the light of the interactions with phages: the genetic symbionts and their role in ecological speciation. Frontiers in Ecology and Evolution, Hoboken, v. 6, p. 1-12 art. 6, 2018. Disponível em: < http://dx.doi.org/10.3389/fevo.2018.00006 > DOI: 10.3389/fevo.2018.00006.
    • APA

      Braga, L. P. P., Soucy, S. M., Amgarten, D. E., Da Silva, A. M., & Setubal, J. C. (2018). Bacterial diversification in the light of the interactions with phages: the genetic symbionts and their role in ecological speciation. Frontiers in Ecology and Evolution, 6, 1-12 art. 6. doi:10.3389/fevo.2018.00006
    • NLM

      Braga LPP, Soucy SM, Amgarten DE, Da Silva AM, Setubal JC. Bacterial diversification in the light of the interactions with phages: the genetic symbionts and their role in ecological speciation [Internet]. Frontiers in Ecology and Evolution. 2018 ; 6 1-12 art. 6.Available from: http://dx.doi.org/10.3389/fevo.2018.00006
    • Vancouver

      Braga LPP, Soucy SM, Amgarten DE, Da Silva AM, Setubal JC. Bacterial diversification in the light of the interactions with phages: the genetic symbionts and their role in ecological speciation [Internet]. Frontiers in Ecology and Evolution. 2018 ; 6 1-12 art. 6.Available from: http://dx.doi.org/10.3389/fevo.2018.00006

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    Título do periódico: Nat. Rev. Microbiol
    Volume: 8
    Primeira página: 523
    Ano: 2010
    DOI: 10.1038/nrmicro2367
    Autor: Pigliucci
    Título: What, if anything, is an evolutionary novelty?
    Título do periódico: Philos. Sci
    Volume: 75
    Primeira página: 887
    Ano: 2008
    DOI: 10.1086/594532
    Autor: Popa
    Título: Phylogenomic networks reveal limited phylogenetic range of lateral gene transfer by transduction
    Título do periódico: ISME J
    Volume: 11
    Primeira página: 543
    Ano: 2017
    DOI: 10.1038/ismej.2016.116
    Autor: Puigbò
    Título: Genomes in turmoil: quantification of genome dynamics in prokaryote supergenomes
    Título do periódico: BMC Biol
    Volume: 12
    Primeira página: 66
    Ano: 2014
    DOI: 10.1186/s12915-014-0066-4
    Autor: Raymond
    Título: The role of horizontal gene transfer in photosynthesis, oxygen production, and oxygen tolerance
    Título do periódico: Methods Mol. Biol
    Volume: 532
    Primeira página: 323
    Ano: 2009
    DOI: 10.1007/978-1-60327-853-9_19
    Autor: Rodriguez-Valera
    Título: Explaining microbial population genomics through phage predation
    Título do periódico: Nat. Rev. Microbiol
    Volume: 7
    Primeira página: 828
    Ano: 2009
    DOI: 10.1038/nrmicro2235
    Autor: Rohwer
    Ano: 2014
    Autor: Roossinck
    Título: Move over, bacteria! Viruses make their mark as mutualistic microbial symbionts
    Título do periódico: J. Virol
    Volume: 89
    Primeira página: 6532
    Ano: 2015
    DOI: 10.1128/JVI.02974-14
    Autor: Rosselló-Mora
    Título: Metabolic evidence for biogeographic isolation of the extremophilic bacterium Salinibacter ruber
    Título do periódico: ISME J
    Volume: 2
    Primeira página: 242
    Ano: 2008
    DOI: 10.1038/ismej.2007.93
    Autor: Scanlan
    Título: Coevolution with bacteriophages drives genome-wide host evolution and constrains the acquisition of abiotic-beneficial mutations
    Título do periódico: Mol. Biol. Evol
    Volume: 32
    Primeira página: 1425
    Ano: 2015
    DOI: 10.1093/molbev/msv032
    Autor: Seed
    Título: Battling phages: how bacteria defend against viral attack
    Título do periódico: PLoS Pathog
    Volume: 11
    Primeira página: e1004847
    Ano: 2015
    DOI: 10.1371/journal.ppat.1004847
    Autor: Shao
    Título: Lysis-lysogeny coexistence: prophage integration during lytic development
    Título do periódico: Microbiologyopen
    Volume: 6
    Primeira página: e00395
    Ano: 2017
    DOI: 10.1002/mbo3.395
    Autor: Shapiro
    Título: Population genomics of early events in the ecological differentiation of bacteria
    Título do periódico: Science
    Volume: 336
    Primeira página: 48
    Ano: 2012
    DOI: 10.1126/science.1218198
    Autor: Silveira
    Título: Piggyback-the-winner in host-associated microbial communities
    Título do periódico: NPJ Biofilms Microbiomes
    Volume: 2
    Primeira página: 16010
    Ano: 2016
    DOI: 10.1038/npjbiofilms.2016.10
    Autor: Soucy
    Título: Horizontal gene transfer: building the web of life
    Título do periódico: Nat. Rev. Genet
    Volume: 16
    Primeira página: 472
    Ano: 2015
    DOI: 10.1038/nrg3962
    Autor: Soucy
    Título: Orthologues, paralogues and horizontal gene transfer in the human holobiont
    Ano: 2013
    DOI: 10.1002/9780470015902.a0005298.pub3
    Autor: Taylor
    Título: Duplication and divergence: the evolution of new genes and old ideas
    Título do periódico: Annu. Rev. Genet
    Volume: 38
    Primeira página: 615
    Ano: 2004
    DOI: 10.1146/annurev.genet.38.072902.092831
    Autor: Tellier
    Título: Speed of adaptation and genomic footprints of host-parasite coevolution under arms race and trench warfare dynamics
    Título do periódico: Evolution
    Volume: 68
    Primeira página: 2211
    Ano: 2014
    DOI: 10.1111/evo.12427
    Autor: Thompson
    Ano: 2013
    DOI: 10.7208/chicago/9780226018898.001.0001
    Autor: Touchon
    Título: Genetic and life-history traits associated with the distribution of prophages in bacteria
    Título do periódico: ISME J
    Volume: 10
    Primeira página: 2744
    Ano: 2016
    DOI: 10.1038/ismej.2016.47
    Autor: Touchon
    Título: Embracing the enemy: the diversification of microbial gene repertoires by phage-mediated horizontal gene transfer
    Título do periódico: Curr. Opin. Microbiol
    Volume: 38
    Primeira página: 66
    Ano: 2017
    DOI: 10.1016/j.mib.2017.04.010
    Autor: Treangen
    Título: Horizontal transfer, not duplication, drives the expansion of protein families in prokaryotes
    Título do periódico: PLoS Genet
    Volume: 7
    Primeira página: e1001284
    Ano: 2011
    DOI: 10.1371/journal.pgen.1001284
    Autor: True
    Título: Gene co-option in physiological and morphological evolution
    Título do periódico: Annu. Rev. Cell Dev. Biol
    Volume: 18
    Primeira página: 53
    Ano: 2002
    DOI: 10.1146/annurev.cellbio.18.020402.140619
    Autor: Turner
    Título: Replaying evolution to test the cause of extinction of one ecotype in an experimentally evolved population
    Título do periódico: PLOS ONE
    Volume: 10
    Primeira página: e0142050
    Ano: 2015
    DOI: 10.1371/journal.pone.0142050
    Autor: Vale
    Título: Genomic structure and insertion sites of Helicobacter pylori prophages from various geographical origins
    Título do periódico: Sci. Rep
    Volume: 7
    Primeira página: 42471
    Ano: 2017
    DOI: 10.1038/srep42471
    Autor: Van Niel
    Título: THE “DELFT SCHOOL” AND THE RISE OF GENERAL MICROBIOLOGY
    Título do periódico: Bacteriol. Rev
    Volume: 13
    Primeira página: 161
    Ano: 1949
    Autor: Westbye
    Título: Guaranteeing a captive audience: coordinated regulation of gene transfer agent (GTA) production and recipient capability by cellular regulators
    Título do periódico: Curr. Opin. Microbiol
    Volume: 38
    Primeira página: 122
    Ano: 2017
    DOI: 10.1016/j.mib.2017.05.003
    Autor: Williams
    Título: Phage-induced diversification improves host evolvability
    Título do periódico: BMC Evol. Biol
    Volume: 13
    Primeira página: 17
    Ano: 2013
    DOI: 10.1186/1471-2148-13-17
    Autor: Zarraonaindia
    Título: The soil microbiome influences grapevine-associated microbiota
    Título do periódico: MBio
    Volume: 6
    Primeira página: e02527
    Ano: 2015
    DOI: 10.1128/mBio.02527-14
    Autor: Zeng
    Título: Decision making at a subcellular level determines the outcome of bacteriophage infection
    Título do periódico: Cell
    Volume: 141
    Primeira página: 682
    Ano: 2010
    DOI: 10.1016/j.cell.2010.03.034
    Autor: Zeng
    Título: Neutral models of microbiome evolution
    Título do periódico: PLoS Comput. Biol
    Volume: 11
    Primeira página: e1004365
    Ano: 2015
    DOI: 10.1371/journal.pcbi.1004365
    Autor: Zeng
    Título: Cold adaptation regulated by cryptic prophage excision in Shewanella oneidensis
    Título do periódico: ISME J
    Volume: 10
    Primeira página: 2787
    Ano: 2016
    DOI: 10.1038/ismej.2016.85
    Autor: Zhang
    Título: Evolution by gene duplication: an update
    Título do periódico: Trends Ecol. Evol
    Volume: 18
    Primeira página: 292
    Ano: 2003
    DOI: 10.1016/S0169-5347(03)00033-8
    Autor: Zhaxybayeva
    Título: Detection and quantitative assessment of horizontal gene transfer
    Título do periódico: Methods Mol. Biol
    Volume: 532
    Primeira página: 195
    Ano: 2009
    DOI: 10.1007/978-1-60327-853-9_11
    Autor: Zhaxybayeva
    Título: Lateral gene transfer
    Título do periódico: Curr. Biol
    Volume: 21
    Primeira página: R242
    Ano: 2011
    DOI: 10.1016/j.cub.2011.01.045