Feed efficiency traits in Santa Inês sheep under genomic approaches (2017)
- Authors:
- Autor USP: ALVARENGA, AMANDA BOTELHO - ESALQ
- Unidade: ESALQ
- Sigla do Departamento: LZT
- Subjects: CONSUMO DE ALIMENTOS; GENÔMICA; OVINOS
- Keywords: Modelos de regressão Bayesianos
- Language: Inglês
- Abstract: A seleção com base nos valores genéticos genômicos preditos pode aumentar substancialmente a taxa de ganho genético em animais por meio do aumento da acurácia de predição e redução do intervalo de gerações, especialmente para características de difícil e/ou onerosa mensuração, como eficiência alimentar. A eficiência alimentar é uma das características mais importantes na produção animal devido principalmente aos seus impactos econômicos e ambientais. Muitas métricas representam a eficiência alimentar, por exemplo: a relação do ganho de peso e consumo alimentar (EA), a proporção do consumo alimentar e ganho de peso (CA) e o consumo alimentar residual (CAR). Em ovinos, nenhum estudo com o objetivo de buscar variantes genéticas ou verificar a acurácia do valor genético genômico estimado para eficiência alimentar foi publicado. Adicionalmente, antes de aplicar a informação genômica, é necessário compreender e caracterizar a estrutura da população, como por meio do desequilíbrio de ligação (LD). O estudo de associação genômica (GWAS) e seleção genômica (GS) consideram o LD entre marcador e a mutação causal. Com base nas considerações acima, o objetivo deste estudo foi mapear o LD em ovinos, caracterizado pela raça ovina Santa Inês; localizar variantes genéticas para as características de eficiência alimentar (EA, CA e CAR) utilizando a abordagem GWAS; e verificar a acurácia da estimação dos valores genéticos genômico para o CAR. No total, foram coletadas 396 amostras (animais) domúsculo Longissimus dorsi, para posterior genotipagem utilizando o painel de alta densidade (Illumina High-Density Ovine SNP BeadChip®), compreendendo 54.241 SNPs. O banco fenotípico é composto por 387 animais. O LD médio entre marcadores adjacentes para duas métricas de LD, r² e |D'|, foram 0,166 e 0,617, respectivamente. O grau de LD estimado foi menor que o relatado em outras espécies e foi caracterizado por blocos de haplótipos curtos. Consequentemente, para as análises genômicas são recomendados painéis de marcadores de alta densidade. No GWAS, foram encontrados muitos marcadores associados aos fenótipos, em especial, à característica CAR. Alguns genes candidatos foram relatados neste estudo, destacando-se o NRF-1 (fator respiratório nuclear 1), que controla a biossíntese mitocondrial, o processo mais importante responsável por grande parte da produção de energia. Finalmente, verificamos a acurácia do valor genético genômico estimado para o CAR usando modelos de regressão Bayesiana, e encontramos baixos valores para acurácia (0,033 a 0,036) o que pode ser explicado pelo baixo grau de relacionamento entre os indivíduos e tamanho reduzido da população de treinamento
- Imprenta:
- Publisher place: Piracicaba
- Date published: 2017
- Data da defesa: 28.09.2017
-
ABNT
ALVARENGA, Amanda Botelho. Feed efficiency traits in Santa Inês sheep under genomic approaches. 2017. Dissertação (Mestrado) – Universidade de São Paulo, Piracicaba, 2017. Disponível em: http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/11/11139/tde-20032018-160145/. Acesso em: 26 abr. 2024. -
APA
Alvarenga, A. B. (2017). Feed efficiency traits in Santa Inês sheep under genomic approaches (Dissertação (Mestrado). Universidade de São Paulo, Piracicaba. Recuperado de http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/11/11139/tde-20032018-160145/ -
NLM
Alvarenga AB. Feed efficiency traits in Santa Inês sheep under genomic approaches [Internet]. 2017 ;[citado 2024 abr. 26 ] Available from: http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/11/11139/tde-20032018-160145/ -
Vancouver
Alvarenga AB. Feed efficiency traits in Santa Inês sheep under genomic approaches [Internet]. 2017 ;[citado 2024 abr. 26 ] Available from: http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/11/11139/tde-20032018-160145/
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