Inbreeding studies in a quilombo isolate from the state of São Paulo (2017)
- Authors:
- Autor USP: LEMES, RENAN BARBOSA - IB
- Unidade: IB
- Sigla do Departamento: BIO
- Subjects: GENÉTICA MÉDICA; MARCADOR MOLECULAR; QUILOMBOS; GENEALOGIA; CRUZAMENTOS
- Keywords: Coeficiente de endocruzamento; Endocruzamento; Inbreeding; Inbreeding corfficient; Índice de fixação de Wright; Isolado populacional; Population isolate; Runs of homozygosity; Runs of homozygosity; Wright's fixation index
- Language: Inglês
- Abstract: Os níveis de endogamia de uma população são comumente estimados por meio do coeficiente de endocruzamento, que pode ser obtido de dados genealógicos (F) ou dados provenientes da análise de marcadores moleculares (f). O objetivo do trabalho foi obter estimativas confiáveis do coeficiente de endocruzamento populacional, bem como realizar inferências demográficas, usando dados de um agregado populacional quilombola miscigenado com ancestralidade complexa tri-híbrida, localizado no Vale do Rio Ribeira, na região sul do estado de São Paulo. No trabalho é apresentado em três capítulos. No primeiro (um trabalho já publicado), estimamos o coeficiente de endocruzamento usando dados genealógicos e moleculares. As estimativas genealógicas de F foram obtidas para cada comunidade por meio da média dos coeficientes individuais de todos os indivíduos representados nas genealogias da população. Os valores de f foram estimados por meio dos dados de 30 marcadores moleculares altamente heterogêneos (14 SNPs e 16 microssatélites), genotipados em diferentes grupos de indivíduos com diferentes finalidades. O segundo capítulo, representado por um trabalho também já publicado, apresenta um método simples para estimar a variância do coeficiente de endocruzamento f. As aproximações obtidas, validadas devidamente por simulações em computador, podem ser aplicadas a lóci multialélicos, produzindo estimativas que não diferem significativamente de outras aproximações complicadas descritas naliteratura. O último capítulo (um manuscrito a ser submetido para publicação) apresenta inferências a respeito dos processos de endogamia e demografia no isolado quilombola, utilizando a informação de centenas de milhares de marcadores moleculares bialélicos. É apresentada uma nova maneira de se estimar o índice de fixação f de Wright, usando a informação combinada de dois conjuntos de marcadores (o conjunto completo de marcadores e um outro contendo apenas marcadores não ligados significativamente entre si). Também foram feitas inferências sobre a história demográfica do isolado por meio do estudo das regiões genômicas em homozigose (ROHs), uma contribuição inédita e importante do trabalho, adaptada à análise de um isolado populacional altamente miscigenado com contribuição tri-híbrida e uma história de fundação complexa
- Imprenta:
- Data da defesa: 30.10.2017
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ABNT
LEMES, Renan Barbosa. Inbreeding studies in a quilombo isolate from the state of São Paulo. 2017. Tese (Doutorado) – Universidade de São Paulo, São Paulo, 2017. Disponível em: http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/41/41131/tde-09022018-095636/. Acesso em: 24 abr. 2024. -
APA
Lemes, R. B. (2017). Inbreeding studies in a quilombo isolate from the state of São Paulo (Tese (Doutorado). Universidade de São Paulo, São Paulo. Recuperado de http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/41/41131/tde-09022018-095636/ -
NLM
Lemes RB. Inbreeding studies in a quilombo isolate from the state of São Paulo [Internet]. 2017 ;[citado 2024 abr. 24 ] Available from: http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/41/41131/tde-09022018-095636/ -
Vancouver
Lemes RB. Inbreeding studies in a quilombo isolate from the state of São Paulo [Internet]. 2017 ;[citado 2024 abr. 24 ] Available from: http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/41/41131/tde-09022018-095636/ - Estimativa de parâmetros genético-populacionais de interesse em isolados populacionais do Vale do Ribeira (remanescentes de quilombos)
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