Ver registro no DEDALUS
Exportar registro bibliográfico

Metrics


Metrics:

Machine learning meets genome assembly (2018)

  • Authors:
  • USP affiliated authors: SETUBAL, JOÃO CARLOS - IQ ; CARVALHO, ANDRÉ CARLOS PONCE DE LEON FERREIRA DE - ICMC
  • USP Schools: IQ; ICMC
  • DOI: 10.1093/bib/bby072
  • Subjects: INTELIGÊNCIA ARTIFICIAL; SEQUENCIAMENTO GENÉTICO
  • Agências de fomento:
  • Language: Inglês
  • Imprenta:
  • Source:
  • Acesso online ao documento

    Online accessDOI or search this record in
    Informações sobre o DOI: 10.1093/bib/bby072 (Fonte: oaDOI API)
    • Este periódico é de assinatura
    • Este artigo é de acesso aberto
    • URL de acesso aberto
    • Cor do Acesso Aberto: bronze

    How to cite
    A citação é gerada automaticamente e pode não estar totalmente de acordo com as normas

    • ABNT

      SOUZA, Kleber Padovani de; SETUBAL, Joao Carlos; CARVALHO, Andre Carlos Ponce de Leon Ferreira de; et al. Machine learning meets genome assembly. Briefings in Bioinformatics, Washington, 2018. Disponível em: < http://dx.doi.org/10.1093/bib/bby072 > DOI: 10.1093/bib/bby072.
    • APA

      Souza, K. P. de, Setubal, J. C., Carvalho, A. C. P. de L. F. de, Oliveira, G., Chateau, A., & Alves, R. (2018). Machine learning meets genome assembly. Briefings in Bioinformatics. doi:10.1093/bib/bby072
    • NLM

      Souza KP de, Setubal JC, Carvalho ACP de LF de, Oliveira G, Chateau A, Alves R. Machine learning meets genome assembly [Internet]. Briefings in Bioinformatics. 2018 ;Available from: http://dx.doi.org/10.1093/bib/bby072
    • Vancouver

      Souza KP de, Setubal JC, Carvalho ACP de LF de, Oliveira G, Chateau A, Alves R. Machine learning meets genome assembly [Internet]. Briefings in Bioinformatics. 2018 ;Available from: http://dx.doi.org/10.1093/bib/bby072

    Referências citadas na obra
    Autor: Fey
    Título: Impact of the human genome project on the clinical management of sporadic cancers
    Título do periódico: Lancet Oncol
    Volume: 3
    Fascículo: 6
    Primeira página: 349
    Ano: 2002
    Autor: de Souza Góes
    Título: Projeto Genoma Humano: um retrato da construção do conhecimento científico sob a ótica da revista Ciência Hoje
    Título do periódico: Ciência & Educaçtildeão (Bauru)
    Volume: 20
    Fascículo: 3
    Primeira página: 561
    Ano: 2014
    Autor: Constantinescu
    Título: A Machine Learning Approach to DNA Shotgun Sequence Assembly
    Ano: 2015
    Autor: Pop
    Título: Genome assembly reborn: recent computational challenges
    Título do periódico: Brief Bioinform
    Volume: 10
    Fascículo: 4
    Primeira página: 354
    Ano: 2009
    Autor: Hood
    Título: The human genome project: big science transforms biology and medicine
    Título do periódico: Genome Med
    Volume: 5
    Fascículo: 9
    Primeira página: 79
    Ano: 2013
    Autor: Gonzalez-Garay
    Título: The road from next-generation sequencing to personalized medicine
    Título do periódico: Per Med
    Volume: 11
    Fascículo: 5
    Primeira página: 523
    Ano: 2014
    Autor: Heather
    Título: The sequence of sequencers: the history of sequencing DNA
    Título do periódico: Genomics
    Volume: 107
    Fascículo: 1
    Primeira página: 1
    Ano: 2016
    Autor: Ghurye
    Título: Metagenomic assembly: overview, challenges and applications
    Título do periódico: Yale J Biol Med
    Volume: 89
    Fascículo: 3
    Primeira página: 353
    Ano: 2016
    Autor: Pop
    Título: Bioinformatics challenges of new sequencing technology
    Primeira página: 142
    Ano: 2008
    Autor: Ma
    Título: De novo sequencing and homology searching
    Primeira página: O111.014902
    Ano: 2011
    Autor: Zhu
    Título: PERGA: a paired-end read guided de novo assembler for extending contigs using SVM and look ahead approach
    Título do periódico: PLoS ONE
    Volume: 9
    Fascículo: 12
    Ano: 2014
    Autor: Warnke-Sommer
    Título: Graph mining for next generation sequencing: leveraging the assembly graph for biological insights
    Primeira página: 340
    Ano: 2016
    Autor: Bocicor
    Título: A reinforcement learning approach for solving the fragment assembly problem. In: 2011 13th International Symposium on Symbolic and Numeric Algorithms for Scientific Computing
    Título do periódico: IEEE,
    Ano: 2011
    Autor: Greenwald
    Título: Utilization of defined microbial communities enables effective evaluation of meta-genomic assemblies
    Título do periódico: BMC Genomics
    Volume: 18
    Fascículo: 1
    Primeira página: 296
    Ano: 2017
    Autor: Libbrecht
    Título: Machine learning applications in genetics and genomics
    Título do periódico: Nat Rev Gen
    Volume: 16
    Fascículo: 6
    Primeira página: 321
    Ano: 2015
    Autor: Miller
    Título: Assembly algorithms for next-generation sequencing data
    Título do periódico: Genomics
    Volume: 95
    Fascículo: 6
    Primeira página: 315
    Ano: 2010
    Autor: Zhang
    Título: The impact of next-generation sequencing on genomics
    Título do periódico: J Genet Genomics
    Volume: 38
    Fascículo: 3
    Primeira página: 95
    Ano: 2011
    Autor: Stranneheim
    Título: Stepping stones in DNA sequencing
    Primeira página: 1063
    Ano: 2012
    Autor: Oulas
    Título: Metagenomics: tools and insights for analyzing next-generation sequencing data derived from biodiversity studies
    Ano: 2015
    Autor: Byeon
    Título: Pattern recognition on read positioning in next generation sequencing
    Primeira página: e0157033
    Ano: 2016
    Autor: Wooley
    Título: A primer on metagenomics
    Título do periódico: PLoS Comput Biol
    Volume: 6
    Fascículo: 2
    Ano: 2010
    Autor: Ji
    Título: A new strategy for better genome assembly from very short reads
    Título do periódico: BMC Bioinformatics
    Volume: 12
    Fascículo: 1
    Primeira página: 493
    Ano: 2011
    Autor: Edwards
    Título: Beginner’s guide to comparative bacterial genome analysis using next-generation sequence data
    Título do periódico: Microb Inform Exp
    Volume: 3
    Fascículo: 1
    Primeira página: 2
    Ano: 2013
    Autor: Lischer
    Título: Reference-guided de novo assembly approach improves genome reconstruction for related species
    Título do periódico: BMC Bioinformatics
    Volume: 18
    Fascículo: 1
    Primeira página: 474
    Ano: 2017
    Autor: Gopinath
    Título: A hybrid reference-guided de novo assembly approach for generating cyclospora mitochondrion genomes
    Título do periódico: Gut Pathog
    Volume: 10
    Fascículo: 1
    Primeira página: 15
    Ano: 2018
    Autor: Kelley
    Título: Quake: quality-aware detection and correction of sequencing errors
    Título do periódico: Genome Biol
    Volume: 11
    Fascículo: 11
    Primeira página: R116
    Ano: 2010
    Autor: Munoz-Lopez
    Título: DNA transposons: nature and applications in genomics
    Primeira página: 115
    Ano: 2010
    Autor: Weiss
    Título: Tracking down the sources of experimental contamination in microbiome studies
    Título do periódico: Genome Biol
    Volume: 15
    Fascículo: 12
    Primeira página: 564
    Ano: 2014
    Autor: Bodily
    Título: Heterozygous genome assembly via binary classification of homologous sequence
    Título do periódico: BMC Bioinformatics
    Volume: 16
    Fascículo: Suppl 7
    Primeira página: S5
    Ano: 2015
    Autor: Aguiar
    Título: Haplotype assembly in polyploid genomes and identical by descent shared tracts
    Primeira página: i352
    Ano: 2013
    Autor: Church
    Título: Extending reference assembly models
    Título do periódico: Genome Biol
    Volume: 16
    Fascículo: 1
    Primeira página: 13
    Ano: 2015
    Autor: Chin
    Título: Phased diploid genome assembly with single-molecule real-time sequencing
    Título do periódico: Nat Methods
    Volume: 13
    Fascículo: 12
    Primeira página: 1050
    Ano: 2016
    Autor: Wang
    Título: Xander: employing a novel method for efficient gene-targeted metagenomic assembly
    Título do periódico: Microbiome
    Volume: 3
    Fascículo: 1
    Primeira página: 1050
    Ano: 2015
    Autor: NCBI.
    Ano: 2017
    Autor: National Research Council
    Ano: 2007
    Autor: Vollmers
    Título: Comparing and evaluating metagenome assembly tools from a microbiologist’s perspective—not only size matters
    Título do periódico: PLOS One
    Volume: 12
    Fascículo: 1
    Ano: 2017
    Autor: Ji
    Título: MetaSort untangles metagenome assembly by reducing microbial community complexity
    Título do periódico: Nat Commun
    Volume: 8
    Ano: 2017
    Autor: Olson
    Título: Metagenomic assembly through the lens of validation: recent advances in assessing and improving the quality of genomes assembled from metagenomes
    Título do periódico: Brief Bioinformatics
    Ano: 2017
    Autor: Kunin
    Título: A bioinformatician’s guide to metagenomics
    Título do periódico: Microbiol Mol Biol Rev
    Volume: 72
    Fascículo: 4
    Primeira página: 557
    Ano: 2008
    Autor: Bankevich
    Título: SPAdes: a new genome assembly algorithm and its applications to single-cell sequencing
    Título do periódico: J Comput Biol
    Volume: 19
    Fascículo: 5
    Primeira página: 455
    Ano: 2012
    Autor: Luo
    Título: SOAPdenovo2: an empirically improved memory-efficient short-read de novo assembler
    Título do periódico: GigaScience
    Volume: 1
    Fascículo: 1
    Primeira página: 1
    Ano: 2012
    Autor: Butler
    Título: ALLPATHS: de novo assembly of whole-genome shotgun microreads
    Título do periódico: Genome Res
    Volume: 18
    Fascículo: 5
    Primeira página: 810
    Ano: 2008
    Autor: Zimin
    Título: The MaSuRCA genome assembler
    Título do periódico: Bioinformatics
    Volume: 29
    Fascículo: 21
    Primeira página: 2669
    Ano: 2013
    Autor: Nurk
    Título: metaSPAdes: a new versatile metagenomic assembler
    Título do periódico: Genome Res
    Volume: 27
    Fascículo: 5
    Primeira página: 824
    Ano: 2017
    Autor: Namiki
    Título: MetaVelvet: an extension of velvet assembler to de novo metagenome assembly from short sequence reads
    Título do periódico: Nucleic Acids Res
    Volume: 40
    Fascículo: 20
    Primeira página: e155
    Ano: 2012
    Autor: Peng
    Título: IDBA-UD: a de novo assembler for single-cell and metagenomic sequencing data with highly uneven depth
    Título do periódico: Bioinformatics
    Volume: 28
    Fascículo: 11
    Primeira página: 1420
    Ano: 2012
    Autor: Haider
    Título: Omega: an overlap-graph de novo assembler for metagenomics
    Título do periódico: Bioinformatics
    Volume: 30
    Fascículo: 19
    Primeira página: 2717
    Ano: 2014
    Autor: Boisvert
    Título: Ray meta: scalable de novo metagenome assembly and profiling
    Título do periódico: Genome Biol
    Volume: 13
    Fascículo: 12
    Primeira página: R122
    Ano: 2012
    Autor: Afiahayati
    Título: MetaVelvet-SL: an extension of the velvet assembler to a de novo metagenomic assembler utilizing supervised learning
    Título do periódico: DNA Res
    Volume: 22
    Fascículo: 1
    Primeira página: 69
    Ano: 2014
    Autor: Sharpton
    Título: An introduction to the analysis of shotgun metagenomic data
    Título do periódico: Frontiers in Plant Sci
    Volume: 5
    Primeira página: 209
    Ano: 2014
    Autor: Parks
    Título: Recovery of nearly 8,000 metagenome-assembled genomes substantially expands the tree of life
    Título do periódico: Nat Microbiol
    Volume: 2
    Fascículo: 11
    Primeira página: 1533
    Ano: 2017
    Autor: Bradnam
    Título: Assemblathon 2: evaluating de novo methods of genome assembly in three vertebrate species
    Título do periódico: GigaScience
    Volume: 2
    Fascículo: 1
    Primeira página: 1
    Ano: 2013
    Autor: Salzberg
    Título: GAGE: a critical evaluation of genome assemblies and assembly algorithms
    Título do periódico: Genome Res
    Volume: 22
    Fascículo: 3
    Primeira página: 557
    Ano: 2012
    Autor: Lewis-Kraus
    Ano: 2016
    Autor: Peabody
    Título: Evaluation of shotgun metagenomics sequence classification methods using in silico and in vitro simulated communities
    Título do periódico: BMC Bioinformatics
    Volume: 16
    Fascículo: 1
    Primeira página: 362
    Ano: 2015
    Autor: Sczyrba
    Título: Critical assessment of metagenome interpretation—a benchmark of metagenomics software
    Título do periódico: Nat Methods
    Volume: 14
    Fascículo: 11
    Primeira página: 1063
    Ano: 2017
    Autor: Earl
    Título: John, et al. Assemblathon 1: a competitive assessment of de novo short read assembly methods
    Título do periódico: Genome Res
    Volume: 21
    Fascículo: 12
    Primeira página: 2224
    Ano: 2011
    Autor: Gurevich
    Título: QUAST: quality assessment tool for genome assemblies
    Título do periódico: Bioinformatics
    Volume: 29
    Fascículo: 8
    Primeira página: 1072
    Ano: 2013
    Autor: Parks
    Título: Checkm: assessing the quality of microbial genomes recovered from isolates, single cells, and metagenomes
    Título do periódico: Genome Re
    Volume: 25
    Fascículo: 7
    Primeira página: 1043
    Ano: 2015
    Autor: Mikheenko
    Título: MetaQUAST: evaluation of metagenome assemblies
    Título do periódico: Bioinformatics
    Volume: 32
    Fascículo: 7
    Primeira página: 1088
    Ano: 2015
    Autor: Kerepesi
    Título: Evaluating the quantitative capabilities of metagenomic analysis software
    Primeira página: 612
    Ano: 2016
    Autor: Kerepesi
    Título: AmphoraNet: The webserver implementation of the AMPHORA2 metagenomic workflow suite
    Título do periódico: Gene
    Volume: 533
    Fascículo: 2
    Primeira página: 538
    Ano: 2014
    Autor: Soueidan
    Título: Machine learning for metagenomics: methods and tools
    Primeira página: 1
    Ano: 2017
    Autor: Rangwala
    Título: Machine learning approaches for metagenomics
    Título do periódico: Machine Learning and Knowledge Discovery in Databases,
    Primeira página: 512
    Ano: 2014
    Autor: Chakraborty
    Título: Artificial intelligence in biological data
    Título do periódico: J Inf Technol Softw Eng
    Volume: 7
    Fascículo: 4
    Primeira página: 207
    Ano: 2017
    Autor: Min
    Título: Deep learning in bioinformatics
    Primeira página: 851
    Ano: 2016
    Autor: Angeleri
    Título: DNA fragment assembly using neural prediction techniques
    Título do periódico: Int J Neural Syst
    Volume: 09
    Fascículo: 06
    Primeira página: 523
    Ano: 1999
    Autor: Huang
    Título: A time-efficient, linear-space local similarity algorithm
    Primeira página: 337
    Ano: 1991
    Autor: Krachunov
    Título: Machine learning models in error and variant detection in high-variation high-throughput sequencing datasets
    Título do periódico: Procedia Comput Sci
    Volume: 108
    Primeira página: 1145
    Ano: 2017
    Autor: Choi
    Título: A machine-learning approach to combined evidence validation of genome assemblies
    Título do periódico: Bioinformatics
    Volume: 24
    Fascículo: 6
    Primeira página: 744
    Ano: 2008
    Autor: Lanc
    Título: An unsupervised learning approach to assembly validation
    Ano: 2013
    Autor: Smith
    Título: Introducing machine learning concepts with WEKA
    Título do periódico: Methods in Molecular Biology,
    Primeira página: 353
    Ano: 2016
    Autor: Kuhring
    Título: supervised ranking of contigs in de novo assemblies
    Título do periódico: BMC Bioinformatics
    Volume: 16
    Fascículo: 1
    Primeira página: 240
    Ano: 2015
    Autor: Altschul
    Título: Basic local alignment search tool
    Título do periódico: J Mol Biol
    Volume: 215
    Fascículo: 3
    Primeira página: 403
    Ano: 1990
    Autor: Clark
    Título: ALE: a generic assembly likelihood evaluation framework for assessing the accuracy of genome and metagenome assemblies
    Título do periódico: Bioinformatics
    Volume: 29
    Fascículo: 4
    Primeira página: 435
    Ano: 2013
    Autor: Palmer
    Título: Improving de novo sequence assembly using machine learning and comparative genomics for overlap correction
    Título do periódico: BMC Bioinformatics
    Volume: 11
    Fascículo: 1
    Primeira página: 33
    Ano: 2010
    Autor: Sommer
    Título: Minimus: a fast, lightweight genome assembler
    Título do periódico: BMC Bioinformatics
    Volume: 8
    Fascículo: 1
    Primeira página: 64
    Ano: 2007
    Autor: Leung
    Título: Machine learning in genomic medicine: a review of computational problems and data sets
    Título do periódico: Proc IEEE Inst Electr Electron Eng
    Volume: 104
    Fascículo: 1
    Primeira página: 176
    Ano: 2016
    Autor: Chen
    Título: Big data deep learning: challenges and perspectives
    Título do periódico: IEEE Access
    Volume: 2
    Primeira página: 514
    Ano: 2014
    Autor: Xiong
    Título: The human splicing code reveals new insights into the genetic determinants of disease
    Título do periódico: Science
    Volume: 347
    Fascículo: 6218
    Primeira página: 1254806
    Ano: 2014
    Autor: Poplin
    Título: Creating a universal SNP and small indel variant caller with deep
    Título do periódico: neural networks.
    Ano: 2016
    Autor: Arulkumaran
    Título: Deep reinforcement learning: A brief survey
    Título do periódico: IEEE Signal Process Mag
    Volume: 34
    Fascículo: 6
    Primeira página: 26
    Ano: 2017
    Autor: Tziortziotis
    Título: Play Ms. Pac-Man using an advanced reinforcement learning agent
    Primeira página: 71
    Ano: 2014
    Autor: Rhoads
    Título: PacBio sequencing and its applications
    Primeira página: 278
    Ano: 2015
    Autor: Mahmoud
    Título: Efficiency of PacBio long read correction by 2nd generation illumina sequencing
    Título do periódico: Genomics
    Ano: 2017
    Autor: PacificBioscience
    Ano: 2018
    Autor: Salmela
    Título: Accurate self-correction of errors in long reads using de bruijn graphs
    Título do periódico: Bioinformatics
    Volume: 33
    Fascículo: 6
    Primeira página: 799
    Ano: 2017