Halobacterium salinarum NRC-1: rede de regulação gênica e sua análise probabilística (2018)
- Authors:
- Autor USP: CROCETTI, GUILHERME MARTINS - BIOINFORMÁTICA
- Unidade: BIOINFORMÁTICA
- Subjects: BIOINFORMÁTICA; REGULAÇÃO GÊNICA
- Keywords: Bayesian networks; Bioinformática; Genetic regulatory networks; Halobacterium salinarum NRC-1; Redes bayesianas; Redes de regulação gênica; Systems biology
- Agências de fomento:
- Language: Português
- Abstract: Este trabalho teve como objetivo principal modelar a Rede de Regulação Gênica do organismo modelo Halobacterium salinarum NRC-1, estabelecendo interações entre as entidades da rede por intermédio de experimentos inéditos de interação física: ChIP- *, RIP-* e dRNA-seq. Em contraponto com as abordagens clássicas de construção de redes, que estimam interações através de medições de expressão gênica, este trabalho as estabeleceu exclusivamente de interações físicas, permitindo que a estrutura final seja uma representação mais fiel ao fenômeno físico de regulação gênica, baseando-se nos fundamentos da Biologia Sistêmica. Em vista da abundância de dados públicos de expressão gênica para o organismo e do objetivo primário, um objetivo secundário foi traçado: identificar, computacionalmente, genes de fato controlados pelas interações fornecidas pela nova rede. Para isso, a estrutura estabelecida foi transformada numa Rede Bayesiana, e a identificação de genes foi efetuada através da análise de suas Tabelas de Probabilidade Condicionais. Finalmente, como os resultados obtidos para o objetivo secundário foram desfavoráveis a utilização de Redes Bayesianas, os resultados efetivos deste trabalho foram a criação de uma nova Rede de Regulação Gênica para a H. salinarum e uma análise em torno da efetividade de Redes Bayesianas neste contexto
- Imprenta:
- Publisher place: Ribeirão Preto
- Date published: 2018
- Data da defesa: 08.05.2018
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ABNT
CROCETTI, Guilherme Martins. Halobacterium salinarum NRC-1: rede de regulação gênica e sua análise probabilística. 2018. Dissertação (Mestrado) – Universidade de São Paulo, Ribeirão Preto, 2018. Disponível em: http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/95/95131/tde-31052018-172109/. Acesso em: 05 maio 2024. -
APA
Crocetti, G. M. (2018). Halobacterium salinarum NRC-1: rede de regulação gênica e sua análise probabilística (Dissertação (Mestrado). Universidade de São Paulo, Ribeirão Preto. Recuperado de http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/95/95131/tde-31052018-172109/ -
NLM
Crocetti GM. Halobacterium salinarum NRC-1: rede de regulação gênica e sua análise probabilística [Internet]. 2018 ;[citado 2024 maio 05 ] Available from: http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/95/95131/tde-31052018-172109/ -
Vancouver
Crocetti GM. Halobacterium salinarum NRC-1: rede de regulação gênica e sua análise probabilística [Internet]. 2018 ;[citado 2024 maio 05 ] Available from: http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/95/95131/tde-31052018-172109/
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