An epidemiological investigation of circulating arboviruses in the Brazilian state of Amapá during the outbreaks of 2013-2016 (2019)
- Authors:
- Autor USP: GILL, DANIELLE ELISE - IMT
- Unidade: IMT
- Subjects: EPIDEMIOLOGIA; VIROLOGIA MOLECULAR; ARBOVÍRUS; GENÔMICA
- Language: Inglês
- Abstract: Introdução: As arboviroses causam graves problemas de saúde pública no Brasil e em muitos dos países da América Latina. A epidemiologia molecular é um instrumento valioso na compreensão da dispersão, persistência e diversidade desses patógenos virais. Objetivos: Neste projeto, buscamos investigar a dinâmica epidemiológica molecular dos arbovíroses (com especial enfoque aos vírus da dengue-DENV, chikungunya - CHIKV e zika -ZIKV) que circularam no estado do Amapá entre os anos de 2013 e 2016. Métodos: 824 amostras de plasma humano foram coletadas pelos laboratórios de Saúde Publica (LACEN) no estado do Amapá entre os anos de 2013 e 2016; essas amostras foram obtidas de pacientes que apresentavam sintomas consistentes com uma das arboviroses. O material genético viral presente nestas amostras foi extraído e os ensaios de qPCR foram realizados. Todas as amostras foram submetidas inicialmente a um ensaio triplex (ZIKV/DENV/CHIKV), as amostras negativas foram posteriormente submetidas a um ensaio de pan-flavivírus. As amostras positivas para um dos ensaios foram submetidas a NGS (sequenciamento de nova geração). Resultados: Das 824 amostras testadas, 36 foram positivas para DENV, ZIKV ou CHIKV; desses 36 positivos, 24 foram para DENV, 11 para CHIKV e 1 para ZIKV. Foram obtidos 27 genomas completos: 16 de DENV (15 DENV1, genótipo V e 1 DENV2, genótipo III) e 11 de CHIKV (genótipo asiático / caribenho). Das 788 amostras testadas com o ensaio de pan-flavivírus, 22 amostras foram positivas; porem apenas uma amostra produziu genoma completo pela técnica de NGS. Este genoma foi relacionado com um flavivírus com semelhante em 76,81% com o vírus Long Pine Key - LPKV, que anteriormente só tinha sido descrito em mosquitos. Árvores de Maximum likelihood e Maximum clade credibility foram construídas utilizando os genomas do DENV1 obtidos neste estudo.Essas árvores exibiam duas linhagens distintas de DENV1, genótipo V presentes na América Latina. Uma destas linhagens tem um padrão de circulação que inclui países do Caribe, América Central e América do Sul (incluindo Brasil); a outra linhagem distinta circula dentro das fronteiras do Brasil. As árvores também indicam que o DENV1 presente no estado do Amapá é da linhagem que tem o padrão de circulação que inclui o Caribe e as Américas Central e do Sul e que essa linhagem surgiu no Amapá entre 2005 e 2010. Conclusão: Este estudo fornece dados importantes sobre as arboviroses no Amapá e os dados genômicos mais recentes disponíveis para a região, bem como o contexto brasileiro e latino-americano para esses dados. Dados dessa natureza são inestimáveis nos esforços das autoridades de saúde pública para a prevenção e controle de epidemias por estes agentes.
- Imprenta:
- Data da defesa: 29.04.2019
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ABNT
GILL, Danielle Elise. An epidemiological investigation of circulating arboviruses in the Brazilian state of Amapá during the outbreaks of 2013-2016. 2019. Dissertação (Mestrado) – Universidade de São Paulo, São Paulo, 2019. . Acesso em: 19 abr. 2024. -
APA
Gill, D. E. (2019). An epidemiological investigation of circulating arboviruses in the Brazilian state of Amapá during the outbreaks of 2013-2016 (Dissertação (Mestrado). Universidade de São Paulo, São Paulo. -
NLM
Gill DE. An epidemiological investigation of circulating arboviruses in the Brazilian state of Amapá during the outbreaks of 2013-2016. 2019 ;[citado 2024 abr. 19 ] -
Vancouver
Gill DE. An epidemiological investigation of circulating arboviruses in the Brazilian state of Amapá during the outbreaks of 2013-2016. 2019 ;[citado 2024 abr. 19 ]
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