Systems Integration Tool: uma ferramenta para integração e visualização de dados em larga escala e sua aplicação em cana-de-açúcar (2017)
- Authors:
- Autor USP: PIOVEZANI, AMANDA RUSISKA - BIOINFORMÁTICA
- Unidade: BIOINFORMÁTICA
- Subjects: BIOINFORMÁTICA; BIG DATA; CANA-DE-AÇÚCAR; PAREDE CELULAR VEGETAL; REDES COMPLEXAS
- Keywords: Aerenchyma; Aerênquima; Biologia de sistemas; Biological networks; Cell wall; Integração de dados; Sugarcane; System biology
- Language: Português
- Abstract: As respostas das plantas ao ambiente são orquestradas por fatores genéticos, bem como sua flexibilidade metabólica, uma vez que essas são sésseis. As respostas das plantas ao ambiente são regidas por fatores genéticos, bem como sua flexibilidade metabólica, uma vez que essas são sésseis. A forma com que os padrões gênicos e metabólicos redundam entre as células, refletem nos diferentes níveis organizacionais (célula, tecido, órgão e até o organismo como um todo). Por isso, para entendermos as respostas das plantas em determinados estágios de desenvolvimento ou condições é importante explorarmos ao máximo os diferentes níveis de regulação. Neste sentido, tem crescido a quantidade de dados biológicos obtidos através de métodos que produzem dados em larga escala, visando um estudo de forma sistêmica. Embora existam várias ferramentas para a integração de dados biológicos, elas estão desenvolvidas para organismos modelos, inviabilizando análises para outros, como a cana-de-açúcar, que possui vários dados biológicos disponíveis, mas com genoma complexo e incompleto. Tendo em vista a importância econômica da cana-de-açúcar e o interesse em entendermos o processo de degradação da parede celular, desenvolvemos a ferramenta SIT (Systems Integration Tool), para integração dos dados disponíveis (transcritoma, proteoma e atividade enzimática). A implementação da ferramenta foi realizada utilizando as linguagens de programação Perl e Java. SIT possui uma interface gráfica, podendo serexecutada localmente, a qual possibilita a integração de até seis diferentes conjuntos de dados. A visualização do resultado é obtida na forma de redes complexas, permitindo ao usuário a visualização e edição dinâmica da integração. O uso da SIT permitiu no presente estudo, entre outros, a identificação de elementos chave na degradação da parede celular, presentes nos diferentes conjuntos de dados explorados, apontando portanto, potenciais alvos de estudos experimentais. SIT pode ser aplicada à diferentes conjuntos de dados, a qual poderá auxiliar em estudos futuros em várias áreas do conhecimento
- Imprenta:
- Data da defesa: 14.12.2017
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ABNT
PIOVEZANI, Amanda R. Systems Integration Tool: uma ferramenta para integração e visualização de dados em larga escala e sua aplicação em cana-de-açúcar. 2017. Tese (Doutorado) – Universidade de São Paulo, São Paulo, 2017. Disponível em: http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/95/95131/tde-25062019-222743/. Acesso em: 24 abr. 2024. -
APA
Piovezani, A. R. (2017). Systems Integration Tool: uma ferramenta para integração e visualização de dados em larga escala e sua aplicação em cana-de-açúcar (Tese (Doutorado). Universidade de São Paulo, São Paulo. Recuperado de http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/95/95131/tde-25062019-222743/ -
NLM
Piovezani AR. Systems Integration Tool: uma ferramenta para integração e visualização de dados em larga escala e sua aplicação em cana-de-açúcar [Internet]. 2017 ;[citado 2024 abr. 24 ] Available from: http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/95/95131/tde-25062019-222743/ -
Vancouver
Piovezani AR. Systems Integration Tool: uma ferramenta para integração e visualização de dados em larga escala e sua aplicação em cana-de-açúcar [Internet]. 2017 ;[citado 2024 abr. 24 ] Available from: http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/95/95131/tde-25062019-222743/ - SIMTar: uma ferramenta para predição de SNPs interferindo em sítios alvos de microRNAs
- miRNome profiling reveals differential miRNAs associated with embryogenic potential in the somatic embryogenesis of Araucaria angustifolia
- Cell-to-cell trafficking patterns in cell lines of Araucaria angustifolia (Brazilian pine) with contrasting embryogenic potential
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