Análise do transcritoma de Haemophilus influenzae tipo b durante o processo de fermentação em biorreator (2017)
- Authors:
- Autor USP: TRUFEN, CARLOS EDUARDO MADUREIRA - BIOINFORMÁTICA
- Unidade: BIOINFORMÁTICA
- Subjects: BIOINFORMÁTICA; POLISSACARÍDEOS
- Keywords: Haemophilus influenzae; Polysaccharide; RNA-Seq; Transcriptomics; Transcritômica
- Language: Português
- Abstract: Haemophilus influenzae (Hi) é uma bactéria Gram-negativa comensal da nasofaringe e um patógeno oportunista cujo único hospedeiro natural conhecido é o ser humano. As cepas de Hi que possuem cápsula de polissacarídeo estão associadas a doenças invasivas mais graves, sendo as de sorotipo b (Hib) as principais causadoras da meningite bacteriana em populações não vacinadas. Para produzir a vacina contra Hib, o polissacarídeo purificado desta bactéria é conjugado quimicamente ao toxóide tetânico. Industrialmente, a produção do polissacarídeo é realizada cultivando esse micro-organismo em biorreatores, entretanto o rendimento em polissacarídeo é baixo, mesmo com fornecimento de nutrientes, controle de pH e outros ajustes das condições no decorrer do cultivo. O estudo dos diferentes perfis fisiológicos da população bacteriana de Hib no decorrer do cultivo através da transcritômica traz a possibilidade de aprofundar o conhecimento sobre o metabolismo desse microorganismo. As taxas de transcrição dos genes expressos em diferentes momentos considerados como pontos metabolicamente significativos do cultivo de Hib linhagem GB 3291 em batelada alimentada conduzido em Biorreator de 10 L, com aeração submersa e controles de pH (7,0) e temperatura (30° C) foram obtidas através de sequenciamento de RNA paralelo massivo (RNA-seq). A análise de co-expressão dos genes foi realizada com WGCNA, em que oito módulos de genes co-expressos foram identificados, quatro dos quais apresentaramcorrelação alta com dados fenotípicos dos cultivos, inclusive produtividade de acetato e de polissacarídeo. Análise de enriquecimento funcional identificou vias metabólicas associadas a ribossomo, síntese de parede celular, transportadores e consumo de carbono. A análise de expressão diferencial permitiu observar o comportamento desta bactéria durante o cultivo. Através da análise das taxas de transcrição dos genes foi possível identificar as principais vias de síntese de acetato e de polissacarídeo capsular, sendo esta última feita principalmente através da via de pentose fosfato, em detrimento da via de interconversão pentose-glucuronato. Nossos dados mostram que as diferentes etapas do cultivo de Hib leva à ação conjunta de vários grupos de genes, com destaque àqueles ligados às funções celulares básicas, como a síntese de proteínas e de parede celular, o transporte e a síntese de aminoácidos. Esses resultados contribuem para o entendimento dos processos bioquímicos e celulares que ocorrem durante o processo de cultivo de Hib, possibilitando que sejam feitas sugestões de modificações genéticas em Hib e alteração no processo de cultivo com propósito de diminuir produção de acetato e aumentar produção do polissacarídeo
- Imprenta:
- Data da defesa: 24.11.2017
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ABNT
TRUFEN, Carlos Eduardo Madureira. Análise do transcritoma de Haemophilus influenzae tipo b durante o processo de fermentação em biorreator. 2017. Dissertação (Mestrado) – Universidade de São Paulo, São Paulo, 2017. Disponível em: http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/95/95131/tde-16032018-144403/. Acesso em: 25 abr. 2024. -
APA
Trufen, C. E. M. (2017). Análise do transcritoma de Haemophilus influenzae tipo b durante o processo de fermentação em biorreator (Dissertação (Mestrado). Universidade de São Paulo, São Paulo. Recuperado de http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/95/95131/tde-16032018-144403/ -
NLM
Trufen CEM. Análise do transcritoma de Haemophilus influenzae tipo b durante o processo de fermentação em biorreator [Internet]. 2017 ;[citado 2024 abr. 25 ] Available from: http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/95/95131/tde-16032018-144403/ -
Vancouver
Trufen CEM. Análise do transcritoma de Haemophilus influenzae tipo b durante o processo de fermentação em biorreator [Internet]. 2017 ;[citado 2024 abr. 25 ] Available from: http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/95/95131/tde-16032018-144403/
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