Estruturas de redes em ossos ao longo do desenvolvimento (2017)
- Authors:
- Autor USP: COUTO, CYNTHIA MARTINS VILLAR - BIOINFORMÁTICA
- Unidade: BIOINFORMÁTICA
- Subjects: BIOINFORMÁTICA; EXPRESSÃO GÊNICA; REDES COMPLEXAS
- Keywords: Bones; Canais de Havers; Canais de Volkmann; Complex networks; Gene expression; Genetic co-expression network; Havers channels; Haversian system; Limiar; Limiarização; Ossos; Rede de co-expressão gênica; Sistema Haversiano; Threshold; Volkmann channels
- Language: Português
- Abstract: Uma das possíveis razões do sucesso da área de Redes Complexas decorre da flexibilidade destas estruturas para representação e modelagem de inúmeros sistemas complexos, incluindo em biologia. Entretanto, existem alguns aspectos do uso destes conceitos ainda pouco detalhados, como a questão da limiarização de relacionamentos graduados de forma a se obter uma rede binária de conexões. Uma outra questão interessante, ainda em aberto, refere-se a como redes complexas derivadas de sistemas diversos assemelham-se ou não umas às outras. Em biologia, esta questão aparece com particular interesse no que se refere às escalas das estruturas e sistemas biológicos, motivando a busca de analogias estruturais e funcionais. O presente trabalho de doutorado situa-se na interseção destes dois problemas. Em primeiro lugar, utilizamos a importante questão da limiarização de redes de co-expressão gênica como laboratório para desenvolver e comparar cinco métodos deste tipo, com fundamentações diferentes. Verificamos que dependendo da natureza do banco de dados, o impacto da limiarização nas propriedades topológicas pode ser grande, e sugerimos diretrizes de como utilizar os métodos diante do comportamento dos dados. Em seguida, abordamos a representação dos canais do sistema Haversiano dos ossos, com o objetivo de estudar este problema em particular e compará-lo com as redes de co-expressão na busca de analogias topológicas. As análises mostraram que os ossos são indistinguíveis em relação àspropriedades topológicas das redes, mas nota-se uma variação mais pronunciada em relação às propriedades geométricas. Isso sugere que a arquitetura topológica do sistema vascular pode ser independente do tipo ósseo, mas que a demanda biológica de transporte pode variar em relação à posição no mesmo osso, e entre ossos diferentes. Como as redes do sistema Haversiano possuem pesos relacionados à espessura dos canais, utilizamos e comparamos os métodos de limiarização aqui propostos como forma de validação dos resultados. Concluindo estes desenvolvimentos, realizamos uma comparação estrutural dos dois tipos de redes obtidas, ou seja, de co-expressão gênica e de canais Haversianos
- Imprenta:
- Data da defesa: 09.10.2017
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ABNT
COUTO, Cynthia Martins Villar. Estruturas de redes em ossos ao longo do desenvolvimento. 2017. Tese (Doutorado) – Universidade de São Paulo, São Paulo, 2017. Disponível em: http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/95/95131/tde-09122017-001154/. Acesso em: 24 abr. 2024. -
APA
Couto, C. M. V. (2017). Estruturas de redes em ossos ao longo do desenvolvimento (Tese (Doutorado). Universidade de São Paulo, São Paulo. Recuperado de http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/95/95131/tde-09122017-001154/ -
NLM
Couto CMV. Estruturas de redes em ossos ao longo do desenvolvimento [Internet]. 2017 ;[citado 2024 abr. 24 ] Available from: http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/95/95131/tde-09122017-001154/ -
Vancouver
Couto CMV. Estruturas de redes em ossos ao longo do desenvolvimento [Internet]. 2017 ;[citado 2024 abr. 24 ] Available from: http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/95/95131/tde-09122017-001154/
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