Desenvolvimento de um pipeline para identificar automaticamente os genes compostos predominantemente por microexons arranjados em tandem no genoma anotado de Schistosoma mansoni (2016)
- Authors:
- Autor USP: SOUZA, BRUNO FERREIRA DE - BIOINFORMÁTICA
- Unidade: BIOINFORMÁTICA
- Subjects: GENES; EXONS
- Keywords: Gene microexônico; MEG; MEG; Microexon; Microexon; Microexon gene
- Language: Português
- Abstract: Genes microexônicos (MEGs) apresentam uma arquitetura bastante peculiar, sendo compostos predominantemente por quatro ou mais exons simétricos bem pequenos dispostos em tandem (microexons 36 bp, com tamanhos múltiplos de 3). Eles foram descritos pela primeira vez em 2009 no platelminto parasita Schistosoma mansoni (agente etiológico da esquistossomose). Alguns desses genes apresentam evidência (de transcritômica e proteômica) de gerar diferentes isoformas de proteínas através do mecanismo de splicing alternativo. Os MEGs não apresentam homólogos fora do gênero Schistosoma. Microexons individuais já foram reportados em genes de organismos modelo e do ser humano, normalmente atuando como um hotspot de splicing alternativo, porém nestes casos apenas um único microexon por gene fora reportado. Com este pano de fundo, fizemos o seguinte questionamento: existem genes com arquitetura similar (ou seja, múltiplos microexons em tandem) em outros organismos? Desenvolvemos uma heurística capaz de detectar genes com a arquitetura dos MEGs e a aplicamos no transcritoma de S. mansoni e, além de detectar os MEGs originais, detectamos 31 novos genes. Este pipeline poderá ser aplicado à coleção de dados públicos de anotações de genomas de outras espécies para eventualmente detectar novos genes com múltiplos microexons em tandem
- Imprenta:
- Data da defesa: 21.12.2016
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ABNT
SOUZA, Bruno Ferreira de. Desenvolvimento de um pipeline para identificar automaticamente os genes compostos predominantemente por microexons arranjados em tandem no genoma anotado de Schistosoma mansoni. 2016. Dissertação (Mestrado) – Universidade de São Paulo, São Paulo, 2016. Disponível em: http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/95/95131/tde-17042019-150331/. Acesso em: 19 abr. 2024. -
APA
Souza, B. F. de. (2016). Desenvolvimento de um pipeline para identificar automaticamente os genes compostos predominantemente por microexons arranjados em tandem no genoma anotado de Schistosoma mansoni (Dissertação (Mestrado). Universidade de São Paulo, São Paulo. Recuperado de http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/95/95131/tde-17042019-150331/ -
NLM
Souza BF de. Desenvolvimento de um pipeline para identificar automaticamente os genes compostos predominantemente por microexons arranjados em tandem no genoma anotado de Schistosoma mansoni [Internet]. 2016 ;[citado 2024 abr. 19 ] Available from: http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/95/95131/tde-17042019-150331/ -
Vancouver
Souza BF de. Desenvolvimento de um pipeline para identificar automaticamente os genes compostos predominantemente por microexons arranjados em tandem no genoma anotado de Schistosoma mansoni [Internet]. 2016 ;[citado 2024 abr. 19 ] Available from: http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/95/95131/tde-17042019-150331/
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