Análise de genomas completos do HBV genótipos F e H encontrados no Brasil e no México através do método de sequenciamento de nova geração (2021)
- Authors:
- Autor USP: GIONDA, PATRICIA OLIVEIRA - FM
- Unidade: FM
- DOI: 10.11606/D.5.2021.tde-14012022-155520
- Subjects: SEQUENCIAMENTO GENÉTICO; VÍRUS DA HEPATITE B; GENÓTIPOS
- Keywords: Brazil; Genotypes; Hepatitis B virus; Illumina sequencing; Mexico; Mutations; Sequenciamento Illumina; Whole genome sequencing
- Language: Português
- Abstract: INTRODUÇÃO: A hepatite B é uma das principais patologias hepáticas e uma das doenças infecciosas mais desafiadoras à saúde pública mundial, com altos índices de morbidade e mortalidade relacionadas à evolução da infecção pelo vírus da hepatite B (HBV). Dez diferentes genótipos (A-J) do HBV já foram caracterizados até o presente momento, sendo os genótipos F e H os que apresentam maior divergência e estão associados com casos de hepatite B nas Américas. OBJETIVOS: O objetivo deste trabalho foi sequenciar genomas completos de amostras dos genótipos F e H do HBV provenientes do Brasil e do México utilizando a metodologia de sequenciamento de nova geração; e analisar características genéticas relevantes para a compreensão da história natural das infecções associadas com esses genótipos. MATERIAIS E MÉTODOS: Foram incluídas 90 amostras de plasma com DNA do HBV detectável pertencentes aos genótipos F (n = 59) e H (n = 31), as quais foram submetidas à extração do DNA viral e posteriormente à amplificação do genoma completo do HBV. As amostras amplificadas foram submetidas à fragmentação do DNA, marcação e finalmente sequenciamento de última geração na plataforma MiSeq (Illumina). A análise dos dados foi desenvolvida por meio de ferramentas de bioinformática, nas quais foram avaliadas a qualidade das leituras obtidas e a cobertura de diferentes regiões do genoma. Os dados de sequenciamento foram analisados usando ferramentas de biotecnologia considerando qualidade e cobertura paraalinhar os fragmentos e criar contigs mais longos. Sequências curadas e editadas foram então alinhadas com sequências de referência para determinar o subgenótipo viral e para detectar variantes de sequência em posições relevantes nos diferentes genes virais. Uma árvore filogenética foi construída usando métodos Bayesianos. Para a análise de variantes foi utilizada a ferramenta Freebayes. RESULTADOS: Foi possível amplificar o genoma completo do HBV de 31 amostras e dessas 18 foram sequenciadas com sucesso (HBV/F=16 e HBV/H=2).. A análise das sequências geradas mostrou que uma das amostras genótipo F apresentava co-infeccção com os subgenótipos F1b e F3, enquanto as demais amostras eram todas subgenótipo F2a. Não foram observados eventos de recombinação nos genomas de HBV/F e H sequenciados. As principais variantes observadas nesse estudo foram aquelas com alterações nos genes Pré-S e S que levam à interrupção prematura da síntese ou não produção das proteínas de superfície (7/18); e mutações no códon de iniciação do gene pré-core que resultam na falta de síntese da proteína HBeAg (11/18). Essas variantes foram observadas em alguns casos compondo a população viral majoritária e em outros a minoritária. CONCLUSÕES: Neste trabalho, desenvolvemos uma metodologia de NGS aplicada para os genótipos F e H, característicos da América Latina em amostras obtidas no México e no Brasil. Estas amostras tiveram seus genomas completos sequenciados e encontrou-se 15 amostras do subgenótipoF2a, uma amostra apresentando co-infecção com os subgenótipos F1b e F3 e 2 amostras do genótipo H
- Imprenta:
- Data da defesa: 25.10.2021
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- Cor do Acesso Aberto: gold
- Licença: cc-by-nc-sa
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ABNT
GIONDA, Patricia Oliveira. Análise de genomas completos do HBV genótipos F e H encontrados no Brasil e no México através do método de sequenciamento de nova geração. 2021. Dissertação (Mestrado) – Universidade de São Paulo, São Paulo, 2021. Disponível em: https://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/5/5168/tde-14012022-155520/. Acesso em: 03 jun. 2024. -
APA
Gionda, P. O. (2021). Análise de genomas completos do HBV genótipos F e H encontrados no Brasil e no México através do método de sequenciamento de nova geração (Dissertação (Mestrado). Universidade de São Paulo, São Paulo. Recuperado de https://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/5/5168/tde-14012022-155520/ -
NLM
Gionda PO. Análise de genomas completos do HBV genótipos F e H encontrados no Brasil e no México através do método de sequenciamento de nova geração [Internet]. 2021 ;[citado 2024 jun. 03 ] Available from: https://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/5/5168/tde-14012022-155520/ -
Vancouver
Gionda PO. Análise de genomas completos do HBV genótipos F e H encontrados no Brasil e no México através do método de sequenciamento de nova geração [Internet]. 2021 ;[citado 2024 jun. 03 ] Available from: https://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/5/5168/tde-14012022-155520/
Informações sobre o DOI: 10.11606/D.5.2021.tde-14012022-155520 (Fonte: oaDOI API)
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